ایران در آن زمان برخی از رهبران القاعده را در خاک خود زندانی کرده بود. طی یک روند تبادل اسراء با این سازمان تروریستی، تهران به رهبران القاعده آزادی رفت و آمد داده و به آنها اجازه داد بر عملیات این سازمان در سرتاسر جهان با آزادی بیشتری نظارت کنند. بررسی و تحلیل دقیق‌تر این روابط نشان از به وجود آمدن محور جدیدی تحت عنوان «محور ایران و سازمان القاعده» می‌دهد که در آن تهران و این سازمان تروریستی کارهای خود را با همدیگر هماهنگ می‌کنند، اگرچه شریک عملیاتی یکدیگر نیستند.

نوع همکاری بین ایران و القاعده یک حقیقت روشن است. براساس گزارش کمیته 11 سپتامبر فعالان و مربیان بارز القاعده در دهه 90 به ایران سفر کرده و آموزش‌هایی درباره مواد منفجره کسب کردند. برخی از آنها هم از سوی حزب‌الله در لبنان آموزش دیدند. در سال‌های پیش از حادثه 11 سپتامبر تعدادی از هواپیمارباها از طریق ایران به عبور کرده و به سفر رفتند. در این گزارش آمده که اختلافات شیعه و سنی مانع غیرقابل عبوری در روابط و همکاری‌های ایران و سازمان تروریستی القاعده نبود.

رهبران القاعده علیرغم اینکه این سازمان به جریان اندیشه «حرکت جهادی سنی ضد شیعه» تعلق داشت، از سال‌های دور تنش‌های فرقه‌ای را بکاهند تا به هدف استراتژیک خود که همانا بیرون راندن نظامیان آمریکا از خاورمیانه بود، برسند و این هدف مشترک آنها با تهران بود که منجر به افزایش همکاری فیمابین شد.

عساف مقدم پژوهشگر متخصص در زمینه مبارزه با تروریسم اما اعتقاد داد که روابط تهران القاعده هیچ‌گاه از سطح همکاری تاکتیکی فراتر نرفت. به گفته او و با استناد به آنچه اسامه بن لادن رهبر پیشین القاعده در سخنرانی سال 2007 خود گفت، ایران به القاعده اجازه داد از خاک این کشور به عنوان یک مرکز تسهیل استفاده کند. بن لادن در آن زمان گفت که ایران «جریان اصلی پول و نیرو» است اما محدودیت‌هایی علیه رهبران القاعده که آنجا زندگی می‌کنند، وضع کرده است. روابط القاعده و تهران به همین دلیل در برخی برهه‌ها تیره و پرتنش شد.

پس از حملات 11 سپتامبر بسیاری از نیروهای القاعده کوشیدند در ایران پناهندگی بگیرند و تعدادی از آنها نیز آن را به دست آوردند اما در این کشور بازداشت شده و یا تحت حصر خانگی زندگی کردند. آنها شرایط بازداشت و نگهداری خود را که اجازه دسترسی و ارتباط با دنیای خارج به آنها نمی‌داد را غیرقابل قبول دانستند. نیللی لحدود کارشناس سیاسی که اجازه مطالعه و بررسی هزاران سندی که از اقامتگاه بن لادن در ابوت آباد در سال 2011 کشف و ضبط شد را دریافت کرد، گفت افراد حاضر در ایران کاملا از هر فعالیتی دور بودند و «دچار ناامیدی شده بودند». آنها اعتراضات خشونت‌باری علیه ربایندگان ایرانی‌شان ترتیب داده و از رفقای خود در خارج خواستند که به نمایندگی از آنها در این موضوع ورود کنند.

در نامه‌ای که در سال 2010 به رهبری القاعده در منطقه افغانستان و پاکستان ارسال شده، برخی نیروهای القاعده از بازداشت در شکنجه‌گاه‌های سازمان‌های اطلاعات ایران شکایت کرده و تنها درخواست آنها خروج از این کشور بود. آنها از «برادران در خراسان» خواسته بودند که اقدامات لازم برای آزادی آنها را انجام دهد و گفته بودند «همه آنچه می‌خواهیم انجام دهید، این است که برخی مسئولان ایرانی را ربوده و سپس به طور پنهانی با دولتشان مذاکره کنید.» این موضوعی است که القاعده اجرای آن را در برهه‌ای در دستور کار قرار داد.

در سال 2011 ایران و القاعده درباره تبادل اسراء با هم توافق کرده و در همین چارچوب بسیاری از رهبران اصلی القاعده از جمله حمزه بن لادن پسر اسامه بن لادن در ازای دیپلماتی که در سال 2008 در پاکستان ربوده شده بود، معاوضه شدند. سال‌ها بعد و در سال 2015 ایران و القاعده بار دیگر دست به تبادل اسراء زدند و یک دیپلمات ایرانی دیگر که در سال 2013 ربوده شده بود، به ایران تحویل داده شد. این موضوع نشان می‌دهد مرحله تبادل اسراء سبب شد رهبران القاعده آزادانه در ایران زندگی و رفت و آمد کنند.

روزنامه New York Times و چند رسانه آمریکایی دیگر اعلام کردند که در سال 2015، پنج رهبر سرشناس القاعده از جمله سه مصری به نام‌های سیف العدل، ابومحمد المصری و ابو الخیر المصیری و دو اردنی به نام‌های ابوالقسام و ساری شهبا در مقابل یک دیپلمات ایرانی در یمن معاوضه شدند؛ اما این همه داستان نبود.

در سال 2017 و در پی اختلافات داخلی القاعده و تصمیم شاخه سوریه القاعده -جبهة النصرة- برای جدایی و استقلال، اطلاعات جدیدی‌تری از توافق سال 2015 منتشر شد. جبهة النصرة که همینک با نام «هیئة تحریر الشام» فعالیت می‌کند، بخش‌هایی از مناطق شمال غرب سوریه را در اختیار دارد و روابط آن با شاخه اصلی القاعده پرتنش است.

در سال 2017 ایمن الظواهری رهبر القاعده در سخنانی شکستن قسم از سوی هیئة تحریر الشام و ادامه نبرد در سوریه را محکوم کرد. این سخنان الظواهری با واکنش « عبد الرحيم عطون» از رهبران سرشناس شاخه سوریه القاعده که به جبهة النصرة تغییر نام داده بود، مواجه شد. عطون کوشید که از تصمیم جبهة النصرة برای ادامه نبرد در سوریه دفاع کند و در همین راستا وارد یک جنگ مکتوب با دو تن از رهبران القاعده در سوریه به نام‌های سامی العریضی و ابوالقسام شد. در این دعوای کتبی هر سه نفر به توافق سال 2015 اشاره کردند که در آن رهبرانی از القاعده از ایران آزاد شدند که بر روند جدایی جبهة النصرة از سازمان مادر نظارت داشتند.

به گفته عطون در روند تبادل اسراء در سال 2015 ایران 6 فرمانده القاعده را آزاد کرد. به 4 نفر از آنها اجازه ترک ایران و سفر به سوریه داده شد، اما دو نفر دیگر علیرغم آزادی، اجازه ترک ایران را نداشتند. آنها که به سوریه رفتند ابوالخیر المصری و ابوالقسام و دو تن از همراهانشان بودند و سیف العدل و ابومحمد المصری در ایران نگاه داشته شده و به آنها اجازه خروج داده نشد.

ابوالخیر المصری در دوران آزادی به عنوان جانشین ایمن الظواهری فعالیت کرد. به گفته عطون در دوران غیب الظواهری که دو سال طول کشید و او از نظرها پنهان شد، ابوالخیر و سیف العدل و ابومحمد المصری شورای رهبری تشکیل دادند که مقر آن در ایران بود و اتخاذ تصمیمات مهم را بر عهده داشت. زمانی که موضوع قطع روابط شاخه سوریه با سازمان مادر مطرح شد، اختلافاتی در این شورا پدید آمد.

ابوالخیر المصری موافق این جدایی بود و دو نفر دیگر با آن مخالفت کردند و در پی این مخالفت، روابط آنها با هم قطع شد.

از نظر عطون مواضع رهبران حاضر در ایران محلی از اعراب نداشت، زیر ا که به گفته او آنها «در ایران و در کشور دشمن زندانی بودند.»

ابوالقسام به زندانی خوانده شدن رهبران القاعده در ایران اعتراض کرد و در آن دعوای کتبی نوشت: «پس از تبادل اسراء که از آن اطلاع داری، سیف العدل و ابومحمد المصری از زندان خارج شدن و به معنای کلمه بازداشت نبودند. آنها ممنوع الخروج بودن تا زمانی که اراده خداوند بر آزادی آنها اراده کند. آنها به جز ممنوعیت از سفر، زندگی و رفت آمد عادی دارند.»

به نظر می‌رسد این اطلاعات، گفته‌های پمپئو را تصدیق می‌کند. او گفته بود که ایمن الظواهری برای رهبری القاعده جانشینانی دارد که در ایران زندگی عادی دارند. به گفته پمپئو ایران به جانشینان الظواهری اجازه زندیکی آزادانه در خاک این کشور داده، زیرا که تهران می‌خواهد عملیات القاعده را تسهیل کند، زیرا که آنها در «تروریسم و نفرت‌پراکنی» شریک همدیگرند.

ابوالقسام اما تصور دیگری از رابطه با ایران دارند و آن را شراکت نمی‌دارند زیرا که به گفته او آزادی رفت و آمد رهبران القاعده در ایران حاصل جان کندنی بود که با تبادل اسراء در سال 2015 محقق شد و ایران این آزادی را داوطلبانه به آنها نداد بلکه مجبور به اعطای آن شد.

علاوه بر این جانشینان الظواهری آزادانه در ایران نمانده‌اند، بلکه براساس شروط آزادی، اجازه خروج از این کشور را ندارند.

سوال مهمی که در اینجا مطرح می‌شود، این است که چرا ایران به نگهداری از رهبران القاعده در خاک خود اصرار دارد؟ محتمل‌ترین پاسخ این است که ایران می‌خواهد تضمین کند که القاعده اقدام به عملیات تروریستی علیه ایران نکند. نیروهای القاعده در کنار گروه‌های تحت حمایت ایران در جای جای خاورمیانه جنگیده‌اند؛ از جمله در کنار حزب‌الله لبنان، حوثی‌ها در یمن. بسیاری از اعضای القاعده نفرت شدیدی از ایران دارند. همزمان داعش که با القاعده قرابت ایدئولوژیک دارد، مسئولیت برخی حملات در خاک ایران از جمله حمله به مقبره آیت‌الله خمینی و پارلمان ایران در سال 2017 را برعهده گرفته‌اند. لذا وجود رهبران القاعده در خاک ایران نوعی تضمین برای جلوگیری از چنین عملیات مشابهی از سوی القاعده است.

با اینحال حضور چنین شخصیت‌‎هایی در ایران الزاما به معنای حمایت مالی تهران از عملیات القاعده نیست، به ویژه اینکه هنوز هیچ مدرکی برای اثبات این ادعا مطرح نشده است. کشته شدن ابومحمد المصری در تهران به دست نیروهای اسرائیل در ماه آگوست 2020 نشان می‌دهد او در حال زندگی آزادانه در ایران بود. گمان می‌رود که سیف العدل دیگر جانشین الظواهری هم از چنین آزادی در ایران بهره‌مند باشد. گفته می‌شود همزمان تعداد دیگری از نیروهای القاعده همچنان در ایران هستند. آنچه ایران بدان متهم است تسامح و سهل‌انگاری در رابطه با القاعده است. این چیز کمی نیست که نفر دوم سازمان تروریستی القاعده آزادانه در تهران رفت و آمد کند.