به‌نوشته دیلی میل، در گزارش اطلاعاتی آمریکا آمده است که مجتبی در سال ۲۰۰۴ و نسبتا دیر ازدواج کرد. براساس این گزارش، دلیل این امر مشکل ناتوانی جنسی بود که طی سه سفر طولانی به بریتانیا درمان و در نهایت برطرف شد.»

مجتبی خامنه‌ای در سال ۱۳۷۸ با زهرا دومین دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرد که ثمره این ازدواج دو فرزند پسر و یک دختر با نام‌های محمدباقر، محمد امین و فاطمه است. زهرا حداد عادل، در حمله روز شنبه ۹ اسفند کشته شد.

براساس اسناد منتشرشده در ویکی‌لیکس، مجتبی خامنه‌ای و همسرش در جریان چهار سفر درمانی و طولانی مدت خود به بیمارستان‌های ولینگتون و کرامول رفتند و در سفر چهارم، پس از اقامتی دو ماهه، همسرش باردار شد.

در گزارش اطلاعاتی آمریکا بر این نکته تاکید شده است که او «به رهبران ارشد سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نزدیک و از سوی آنان به‌خوبی توجیه می‌شد.»

در این سند اطلاعاتی همچنین آمده است: «گفته می‌شود علی خامنه‌ای در دفتر رهبری با مجتبی همان‌گونه رفتار و مشورت می‌کند که با جانشین احتمالی مسئولیت‌های خود، نه صرفاً به‌عنوان یک مشاور.»

در این گزارش در عین حال به جایگاه ضعیف حوزوی او نیز اشاره و گفته شده است: «انتظار نمی‌رود او هرگز از طریق دانش شخصی خود به مرتبه اجتهاد برسد، چه رسد به مقام آیت‌الله.»

مجتبی دومین پسر علی خامنه‌ای است. در سال‌های اخیر، مجتبی نزد پدرش جایگاه بالاتری پیدا کرده و به یکی از ثروتمندترین افراد ایران تبدیل شده بود.

بلومبرگ ۸ بهمن ۱۴۰۴ در گزارشی تحقیقی نوشت مجتبی خامنه‌ای، هم‌زمان با تشدید فقر و اعتراضات مرگبار در ایران، طی بیش از یک دهه با شبکه‌ای از شرکت‌های پوششی و واسطه‌ها، مجموعه‌ای گسترده از املاک و سرمایه‌گذاری‌ها را در اروپا و خاورمیانه ایجاد کرده است.

به نوشته بلومبرگ، منابع مالی این معاملات از مسیر حساب‌هایی در بانک‌های بریتانیا، سوئیس، لیختن‌اشتاین و امارات عبور کرده و به گفته افراد مطلع، منشأ اصلی این پول‌ها «فروش نفت ایران» بوده است.

براساس این گزارش مجتبی خامنه‌ای در عملیات بانک آینده و پروژه ایران‌مال «نقش محوری» داشته و علی انصاری سهام‌دار اصلی بانک بوده است.

در این گزارش همچنین آمده انصاری گاه دیدارهای خصوصی با مجتبی خامنه‌ای در خانه‌ای در زعفرانیه و در برخی موارد از دفتر بانک آینده برای گفت‌وگوهای محرمانه استفاده شده است.

بلومبرگ از شبکه‌ای از شرکت‌ها نام برده که برای انتقال پول و پنهان‌سازی مسیر مالکیت به کار رفته‌اند؛ از جمله شرکت‌هایی در «سنت‌کیتس و نویس» و نهادهایی در امارات. در یک نمونه، پیام‌های سوئیفت نشان می‌دهد یک شرکت واسطه در امارات از طریق «بانک اسلامی ابوظبی» انتقال‌هایی انجام داده است.

بر اساس گزارش روزنامه عرب‌زبان القدس العربی، مجتبی خامنه‌ای ثروت عظیمی را در بانک‌هایی در سوئیس، امارات متحده عربی، سوریه، ونزوئلا و آفریقا نگهداری می‌کند و بخشی از محله مرفه عباس‌آباد در شمال‌مرکز تهران و همچنین زمین‌های وسیعی در نزدیکی شهر مشهد متعلق به اوست.

به‌نوشته القدس العربی همچنین گفته می‌شود یک جت خصوصی، یک بالگرد برای سفرهای فوری، ناوگانی از خودروهای مرسدس و اسب‌های شخصی دارد.

مجتبی خامنه‌ای در سال ۱۳۸۴ و زمانی به شهرت رسید که مهدی کروبی در نامه‌ای به علی خامنه‌ای فرزندش را به دخالت در انتخابات به سود محمود احمدی‌نژاد متهم کرد.

براساس گزارش‌ها او در سرکوب جنبش سبز در سال ۱۳۸۸ مشارکت داشت و پس از آن نیز در سرکوب اعتراضات مردمی از جمله بزرگ‌ترین کشتار مردم در اعتراضات خیابانی در تاریخ ایران در ۱۸ و ۱۹ دی ۱۴۰۴ نقشی کلیدی ایفا کرد.

بر اساس گزارش شورای آتلانتیک، «مجتبی خامنه‌ای سابقه‌ای تیره در زمینه حقوق بشر دارد.»

در این گزارش آمده است: «مجتبی به‌شدت به رهبران سپاه پاسداران نزدیک است و شبکه‌های مالی تحت کنترل رهبر جمهوری اسلامی را به‌خوبی می‌شناسد. این موضوع باعث شده برخی معتقد باشند که مجتبی از مدت‌ها پیش برای جانشینی پدرش در نظر گرفته شده بود.»

ایالات متحده در سال ۲۰۱۹ مجتبی خامنه‌ای را در فهرست تحریم‌های خود قرار داد.