بهنود در دوران زندان بارها با مرتضوی برخورد داشته است. دادستان وقت تهران او را «استاد» صدا می‌کرد. این روزنامه‌نگار هم به روایت خودش، گاه میانجی زندانیان می‌شد و گاه مورد مشورت مرتضوی قرار می‌گرفت؛ مردی که وقتی قرار بود مقابل دوربین برود، دقایقی جلوی آینه می‌رفت و گاهی از بهنود می‌پرسید که تیپش چه طور است. او وقتی از این که عکس هایش در مجله‌ها ثبت شده بودند، ابراز خوشحالی می‌کرد؛ مثل زمانی که «اکبر گنجی» دست به افشاگری زد و مرتضوی جهانی شد. همان‌زمان مرتضوی به سراغ بهنود و «شمس‌الواعظینِ» روزنامه نگار رفت که میانجی‌گری کنند تا گنجی دست از رفتارهای خود بردارد.

مسعود بهنود: مرتضوی با انگشت اشاره خطاب به رهبر جمهوری اسلامی می‌گفت: «عوض کردن من دست هیچ‌کس نیست.»

مرتضوی گاهی هم «حیرت‌انگیز» می‌شد؛ مثل پسربچه‌ای که کار اشتباهی می‌کند و درصدد پنهان کردن آن است؛ مثل همان‌روز که بهنود در راهروی دادستانی ایستاده بود و استاد راهنمای مرتضوی برای پایان نامه فوق لیسانس او به نام «مهدوی» روبه‌رویش قرار گرفت. مهدوی به سراغ مرتضوی رفت و برای زندانی کردن بهنود به او اعتراض کرد. مرتضوی چشم چشم گویان از دفترش خارج شد و به سراغ بهنود رفت و گفت: «حالا هیچی نگو، سرنوشت من دست این آدم است.»

مرتضوی برای بهنود معلم ورزشی بود که بخشی از زندگی‌ او، پوشیدن گرم کن و بازی کردن با بچه‌های خیابان است. ورزش برای بچه‌های مدرسه و حتی معلم ورزش می‌تواند صرفا یک بازی سرگرم‌کننده باشد اما از نظر بهنود، این تفنن در مرتضوی، سادیسم‌گونه بود.

بهنود مرتضوی را مقابل عکس آیت‌الله علی خامنه‌ای هم دیده بود که دادستان تهران با انگشت اشاره خطاب به رهبر جمهوری اسلامی می‌گفت: «عوض کردن من دست هیچ‌کس نیست.»

این روزنامه‌نگار حالا دادستان وقت تهران را کارگردان تآتر معرفی می‌کند که انگار از هیچ‌کس دستور نمی‌برد و شخصیت او مقابل زندانیان مختلف، دگرگون بود: «از لحظه‌ای که با "ابراهیم نبوی"(طنزپرداز) قرار می‌گرفت، صدای خنده به هوا می‌رفت و جلوی شمس‌الواعظین به خاطر اطلاعات قرآنی و معارف او، بی‌ادعا می‌شد اما وقتی به جوان‌ترها می‌رسید، یک حیوان بود؛ مثل کاری که با "احمد زیدآبادی" کرد.»

شب اولی که زیدآبادی بازداشت و به قرنطینه اوین منتقل شد، بهنود هم در زندان بود. سر زیدآبادی را همان شب اول تراشیده و هرآن چه داشت را ضبط کرده بودند تا توان خرید نداشته باشد. حتی حوله‌اش را هم دزدیده بودند. تمام این‌ها به دستور مرتضوی بود: «مرتضوی به من گفت شنیده‌ام "پدرخوانده" شده‌ای و برای بچه‌ها حوله می‌خری و پول تقسیم می‌کنی. به او گفتم نمی‌دانستم می‌خواهی زیدآبادی را اذیت کنی.»

مرتضوی هم که جا خورده بود، جواب داد: «نه؛ این زیدآبادی است که ما را اذیت می‌کند.»‌

آبان ماه سال ۱۳۸۱ اما شخصیت دیگری از مرتضوی جلوی «حسین قاضیان» سربرافراشت. قاضیان به اتهام «جاسوسی» و «رابطه نامشروع» با زنان همکارش بازداشت شده بود. او از همان شب بازداشت کتک خورد و مورد تحقیر و توهین زندانیان قرار گرفت. این روزنامه نگار را بدون حکم دستگیر و وادار کردند مثل یک حیوان، چهار دست و پا به سلول بازجویی برود. اولین سوال از او هم این بود: «چند بار منشی‌ات را به خانه برده‌ای؟»

یک‌بار مرتضوی و قاضیان تا صبح سر هم داده زده بودند تا آن‌جا که بازجوی دوم به قاضیان گفته بود مرتضوی همان شب بیمارستانی شده بود. قاضیان جواب مرتضوی را می‌داد؛ تقابل قدرتی که به گفته خودش، از پا گذاشتن‌های مداوم بر دم او ناشی می‌شد. جواب این تقابل اما از سوی مرتضوی چنان بود که حتی به قاضیان که تکرر ادرار داشت، برای ساعت‌ها اجازه استفاده از دست‎شویی را هم نمی‌دادند. یا وقتی می‌خواست قاضیان را برای اعتراف گول بزند، سند محرمانه‌ای مربوط به مسایل هسته‌ای نشانش داد. قاضیان هم به کمیسیون اصل ۹۰ مجلس شورای اسلامی شکایت کرد: «ایشان برای تهدید من و پیش‌برد اهدافش، با نشان دادن اطلاعات فوق سری کشور درصدد بود که من را وادار به پذیرفتن اتهاماتم کند.»‌
هرچند مرتضوی هیچ‌وقت زیربار نرفت و همیشه تکذیب می‌کرد.

به روایت روزنامه‌نگاران زندانی که در این گزارش مورد گفت‌وگو قرار گرفتند، مرتضوی به راحتی به چشمان‌شان زل می‌زد و دروغ می‌گفت؛ یعنی قوانینی را که خودش دادستان آن بود، نقض می‌کرد. اما انگار هیچ‌کس جلودارش نبود. اعتراف‌نامه‌ای که قاضیان نوشت هم یکی از همین دروغ‌های مرتضوی بود. او پس از تحمل شکنجه‌های روحی و جسمی زیاد که به گفته خودش، دستور مستقیم مرتضوی بود، به ۹ سال و نیم حبس محکوم شد. یک‌روز مرتضوی به بهانه کم کردن این حکم به سراغ او رفت تا اعتراف‌نامه بگیرد. در نهایت قاضیان نوشت: «اگر کار ما به منافع کشور صدمه زده است، باید بیش تر ملاحظه کنیم.»

اما این اعتراف‌نامه همان شب به روزنامه «کیهان» رفت و فردا تیتر شد. اگرچه حکم قاضیان هم در نهایت شکست.

پرونده قاضیان و اتهام‌های او به تحقیقی میدانی درباره ورود برند لوازم خانگی «ال‌جی» به بازار ایران هم مربوط بود. اما پرسش‌گران زنی که قرار بود در این تحقیق فعالیت داشته باشند، توسط مرتضوی احضار شدند. از جمله سوال و جواب‌ها، نظر آن‌ها درباره «صیغه» بود. حالا قاضیان در توصیف مرتضوی می‌گوید انگار که سِر بود: «اوایل فکر می‌کردم بی‌سروپا است اما به مرور فهمیدم آدم عجیبی است؛ بی‌سوادی که نمی‌توانست کلمه "معهود" را بخواند. نمی‌فهمیدی کی خوشحال است و کی ناراحت و یا کی عصبانی. تحقیرش می‌کردم اما به او برنمی‌خورد.»

روزگار مرتضوی در آن سال‌ها با دست‌وپنجه نرم کردن با روزنامه‌نگاران زندانی می‌گذشت تا آن‌که قتل زهرا کاظمی اتفاق افتاد. چند روز پس از مرگ این روزنامه‌نگار بود که «حسین باستانی» از زندان آزاد شد. خبر آزادی ‌این روزنامه نگار را اما یک شب قبل، مرتضوی حضوری به او داد. ۲۸ تیرماه ۱۳۸۲ بود که باستانی پس از شنیدن صدای باز شدن در سلول، پشت به در ایستاد تا نگهبان به او چشم‌بند بزند. اما صدایی آشنا از پشت‌سر گفت: «آقای باستانی! رویت را برگردان، من مرتضوی هستم.» بعد از اعلام خبر آزادی به او، مرتضوی گفت: «اما شرط دارد؛ بیرون که رفتی، دیگر روزنامه‌نگاری نمی‌کنی.»

دادستان وقت تهران با گفتن یک جمله، برای تمام زندگی یک روزنامه‌نگار تعیین تکلیف کرد. باستانی همان شب آزادی، جلوی درهای زندان با همکارانش مشورت کرد و یک‌راست به دفتر روزنامه «یاس نو» رفت و در جلسه شورای سردبیری شرکت کرد. استدلال همکاران باستانی این بود که اگر سعید مرتضوی احساس کند توصیه‌هایش عملی شده است، مطالبات بیش تری خواهد داشت: «از این‌که مقاومت کرده بودم، احساس خوبی داشتم اما می‌دانستم این کار بدون هزینه نخواهد ماند. تنها چند هفته بعد بود که مجددا سر و کارم به قوه قضاییه افتاد.»‌

حسین باستانی: بعد از اعلام خبر آزادی، مرتضوی گفت: «اما شرط دارد؛ بیرون که رفتی، دیگر روزنامه‌نگاری نمی‌کنی.»

در آن‌زمان، باستانی برای پرونده دیگری که درباره مواد مخدر بود و او به عنوان روزنامه‌نگار تحقیقاتش را منتشر کرده بود، دوباره به دادگاه فراخوانده شد.

کشته شدن زهرا کاظمی به تعبیر باستانی، باعث شد که فشارهای داخلی و خارجی به آزادی بیش تر روزنامه‌نگاران بیانجامد. اما یک‌سال بعد از این واقعه، پرونده «وبلاگ‌نویسان» به جریان افتاد و بسیاری دیگر بازداشت شدند؛ از جمله «شهرام رفیع‌زاده».

اولین برخورد رفیع‌زاده با مرتضوی، پس از آزادی موقت با قرار وثیقه بود. او پیش‌تر، یکی از معاونان مرتضوی را دیده بود؛ وقتی در روزهای اول زیر دست بازجو قرار داشت. معاون مرتضوی گفته بود: «تو در اختیار همین حاج‌آقا هستی که می‌تواند پوست سرت را بکند و همین‌جا چالت کند.»

بازجو هم البته در شکنجه روزنامه‌نگاران این پرونده سنگ‌تمام گذاشته بود. 

رویارویی رفیع‌زاده و مرتضوی اما زمانی بود که اعتراف‌نامه‌ را باید می‌نوشت و مقابل دوربین خبرنگاران قرار می‌گرفت. مرتضوی در آن جلسه گفته بود: «در داخل و خارج از ایران فضای بدی درباره شما درست شده است و می‌گویند به شدت شکنجه شده‌اید. اما این که واقعیت ندارد. باید بنویسید شکنجه نشده‌اید، برخوردها خوب و همراه با رافت اسلامی بوده و شما شرایط مساعدی داشته اید. مرتضوی به چشمان ما زل زده بود و با آرامش و صراحت از ما می‌خواست که دروغ بنویسیم.»

شهرام رفیع زاده: معاون مرتضوی گفت تو در اختیار بازجو هستی، می‌تواند پوست سرت را بکند و همین‌جا چالت کند.

دادستان وقت حتی رفیع‌زاده را تهدید کرده بود که اگر چنین نکند، 20 سال در زندان باقی می‌ماند: «حتی گفت این‌همه آدم هر روز در جاده‌های ایران تصادف می‌کنند و می‌میرند، تو هم سه تا دسته گل داری!»

اشاره مرتضوی به فرزندان رفیع‌زاده بود: «صددرصد مطمئن بودم که من را هم مثل زهرا کاظمی می‌کشد.»

فردای روزی که اعتراف‌نامه‌ها نوشته شد، مرتضوی رفیع‌زاده را به دفترش احضار کرد که اعلام نارضایتی کند. رفیع‌زاده و دیگر هم‌پرونده‌ای‌هایش نوشته بودند: «رافت اسلامی چنان بود که زندان‌بان‌ها غذای‌شان را با ما نصف می‌کردند.»

مرتضوی ‌گفته بود این نامه «مسخره» است و کسی باور نخواهد کرد. او رفیع‌زاده را از همان اتاقش راهی اتاق خبرنگاران کرد تا جلوی دوربین قرار بگیرد، کتابش را بالای سرش ببرد و بگوید «به قصد سیاه‌نمایی» و «تحت فریب» آن‌ را نوشته است. کتاب «بازی قدرت» درباره قتل‌های زنجیره‌ای بود و «شلیک به اصلاحات» درباره ترور «سعید حجاریان»: «مرتضوی این سناریو را کارگردانی می‌کرد. وظایف هرکدام از ما را مشخص کرده بود. از ما هم می‌خواست با همان ادبیاتی اعتراف کنیم که محصول فکر "حسن شریعتمداری" و "حسن شایانفر" بود. به ما گفت این اعترافات تلویزیونی، دادگاه شما است. بعد از آن کاری به شما نداریم اما باید ساکت بمانید.»

رفیع‌زاده روایت می‌کند که مرتضوی بارها تلاش کرده بود از او و دیگر هم‌پرونده‌ای‌هایش اعتراف دروغ بگیرد که زهرا کاظمی از نزدیکان «بهزاد نبوی»، عضو ارشد «سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی» و میهمان او بود تا بتواند این قتل را از سر باز کند.

فشار و تهدیدهای مرتضوی اما محدود به رسانه‌های داخلی نبود؛ کار حتی به اداره مطبوعات خارجی هم کشیده بود. سال ۱۳۸۲ و پس از مرگ زهرا کاظمی بود که برخی رسانه‌های وابسته به سپاه پاسداران خبر دادند «محسن آرمین»، سخن‌گوی «سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی» به مجله «نیوزویک» گفته است اعضای گروه «القاعده» در ایران پناه می‌گیرند و به کشورهای دیگر می‌روند. سپاه هم برای همین از آرمین به اتهام «نشر اکاذیب و افترا» شکایت کرده بود.

با به میان آمدن نام نشریه «نیوزویک»، پای «مازیار بهاری» که خبرنگار این مجله در تهران بود هم به دفتر سعید مرتضوی کشیده شد.

بهاری که در اتاق دادستان وقت پا روی پا انداخته بود و مجله فیلم در دست داشت، سعی می‌کرد زمان انتظار خود را سرگرم کند تا با مرتضوی مواجه شود که گفته می‌شد به زهرا کاظمی تجاوز کرده، با چکمه به صورت او ضربه زده و در نهایت او را کشته است. در همان فضای رعب‌آور پیرامون او، مرتضوی به محض ورود با لحنی تند اما بدون پرخاش به چشمان بهاری زل زده و گفته بود: «تو مسلمانی؟ نمی‌دانی در اسلام نباید پا روی پا انداخت؟»

مازیار بهاری: ما تمام قدرت نظام را در مرتضوی می‌دیدیم که با حمایت جمهوری‌اسلامی، مطبوعات را می‌بست، روزنامه‌نگاران را دستگیر می‌کرد و حتی در پرونده زهرا کاظمی، او را کشت.

مرتضوی از بهاری درباره مصاحبه محسن آرمین پرسیده و از او خواسته بود بعد از گذشت چندین ماه از این شایعه، به نشریه فشار آورد تا مصاحبه‌ای که هیچ‌وقت انجام نشده بود، منتشر شود. اما وقتی انکار و بی‌اطلاعی بهاری را دید، گفت: «تو ماجرای زهرا کاظمی را شنیده‌ای؟» برای همین بهاری هم مثل بسیاری از روزنامه‌نگارانی که با مرتضوی مواجه شده بودند، احساس کرد که ممکن است جان خود را مثل زهرا کاظمی از دست بدهد: «در آن زمان می‌گفتند مرتضوی فامیل "محمدی یزدی" است و هرکاری بخواهد، می‌کند. ما تمام قدرت نظام را در مرتضوی می‌دیدیم که با حمایت جمهوری‌اسلامی، مطبوعات را می‌بست، روزنامه‌نگاران را دستگیر می‌کرد و حتی در پرونده زهرا کاظمی، او را کشت.»

مرتضوی اما پایش از مطبوعات خارجی کوتاه شد؛ همان وقت که «محمدحسین خوشوقت»، مدیر کل وقت مطبوعات و رسانه های خارجی در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی را تهدید کرد که در مطبوعات غیرایرانی بنویسد زهرا کاظمی به خاطر سکته مغزی فوت کرده و جاسوس بوده است وگرنه او را در اتاقش حبس می‌کند. مرتضوی در آن زمان نمی‌دانست خواهر خوش‌وقت، عروس آیت‌الله علی خامنه‌ای است.

حالا نزدیک به دو دهه از آن روزگار می‌گذرد و در این مدت به جز زهرا کاظمی، تداوم حضور چهره‌ای چون مرتضوی در دستگاه قضایی کشور، قربانیان بیش تری گرفت و شکنجه‌های بیش تری را باعث شد.

او پس از صدور حکم دادگاه، مدتی متواری بود. اما روزنامه‌نگارانی که در این گزارش مورد گفت‌وگو قرار گرفته اند، در تحلیل این اتفاق هم‌عقیده هستند و می‌گویند در مدتی که مرتضوی متواری بود، در واقع بر سر دستگیری‌ او اختلاف‌نظر وجود داشت.

بهاری هیچ‌وقت باور نکرد که مرتضوی گم شده است. به باور او، پرونده مرتضوی در اختیار وزارت اطلاعات، قوه قضاییه و اطلاعات سپاه قرار داشت و اگر می‌خواستند، به راحتی می‌توانستند پیدایش کنند.
رفیع‌زاده می‌گوید مرتضوی به چندین سال خدمت به نظام جمهوری اسلامی دل‌خوش بود که بالاخره پایش به زندان نخواهد رسید.
باستانی هم به تیم محافظ مرتضوی اشاره می کند که همه عضو سپاه «انصار المهدی» هستند. او می گوید اگر نظام می‌خواست، می‌توانست از طریق محافظ‌های شخصی، مرتضوی را بیابد.

بهنود اما تردید ندارد که مرتضوی منتظر مانده بود تا حکم او در دادگاه تجدیدنظر یا دیوان عالی لغو شود: «احتمالا به او پیغام رسیده بود که چند روز به زندان برو تا پرونده را حل کنیم. اما مرتضوی متواری شد تا همان یک روز را هم به زندان نرود.»‌