به گفته خودش، از آیت‌الله خمینی خواسته بود جمهوری اعلام کند، نه جمهوری اسلامی چرا که «جمهورى اسلامى به هر شکلى که در آینده حکومت کند ناراضی بسیار خواهد داشت، و اینان از اسلام ناراضى خواهند شد پس جمهورى اسلامى به زیان اسلام است».
براساس این نوشته، او منتقد اقدامات دادگاه‌های انقلاب، حجاب اجباری و ایجاد گروه حزب‌الله لبنان بوده است.
آیت‌الله احمد خوانساری که پس از فوت آیت‌الله بروجردی یکی از مراجع تقلید اصلی بود نیز به جمهوری اسلامی رأی نداده است. آیت‌الله خمینی و شاگردانش از اینکه این مرجع تقلید در فعالیت‌های سیاسی مشارکت ندارد، انتقاد می‌کردند.
برادران موسوی زنجانی، ابوالفضل و رضا هر دو برادر از نظر فقهی و اصولی در جایگاه مراجع تقلید برجسته شیعه بودند، در همه‌پرسی جمهوری اسلامی شرکت نکردند، و با جمهوری اسلامی از آغاز مخالف بودند. این دو برادر پس از انقلاب ۵۷ سمت سیاسی نگرفتند. پدرشان، آیت‌الله سیدمحمد موسوی زنجانی نیز یکی از برجسته‌ترین مجتهدین مشروطه‌خواه زنجان بود.
ابوالفضل موسوی عضو «کمیته ایرانی دفاع از آزادی و حقوق بشر» بود. او می‌گفت در «چنین فتنه و اوضاع آشفته که آن طرفش ناپیداست» شرکت نمی‌کند. او در شهریور ماه ۵۹ اعلامیه‌ای را منتشر کرد که محسن کدیور آن را یک «رساله تمام عیار» درباره «انحراف انقلاب» خوانده است. او در این بیانیه با ذکر مثال‌های تاریخی از پیامبر و امامان شیعه، از «پرونده سازی» برای مردم، «تفتیش عقاید»، اقدامات دادگاه‌های انقلاب، تعطیلی دانشگاه‌ها و مصادره اموال افراد شدیداً انتقاد کرده بود. او همچنین نوشته بود که ولایت فقیه به معنای «حکومت مطلقه و نامحدود ادعای بدون دلیل است».
رضا موسوی عضو «نهضت مقاومت ملی» بود که پس از سقوط دولت مصدق تشکیل شد. او همچنین بر پیکر مصدق نماز خواند. رضا موسوی نامه تندی در انتقاد از اقدامات حکومت اسلامی نوشت. او در ۱۴ دی ماه ۶۲ درگذشت و در میان شعارهای «مرگ بر منافق» هواداران خمینی در حرم «حضرت معصومه» در قم دفن شد.

برادران موسوی زنجانی؛ ابوالفضل (راست) و رضا

مرتضی حائری یزدی، فرزند عبدالکریم حائری یزدی (آیت‌اللهِ موسس)، مؤسس حوزه علمیه قم بود. او با خمینی رابطه نزدیکی داشت و دخترش همسر مصطفی خمینی بود. با این حال از ابتدا با روش مبارزه خمینی و کشته شدن مردم در اعتراض‌ها مخالف بود. صادق خلخالی نقل کرده که آیت‌الله خمینی در نجف نامه‌ای را به مصطفی خمینی نشان داده و گفته که پدرزنش خطاب به او نوشته «هیچ یک از کارهای شما با اسلام سازگار نیست».
مهدی حائری یزدی، فرزند آیا الله مؤسس، تحصیلات در حوزه علمیه قم را سال ۱۳۲۰ تمام کرد. او پس از انقلاب به عنوان سرپرست سفارت ایران در آمریکا انتخاب شد اما به گفته خودش به دلیل دخالت برخی افراد از این سمت استعفا داد. مهدی حائری سپس به ایران بازگشت اما گفته که در شرایط شبیه حصر زندگی می‌کرده است تا اینکه سال ۶۲ از ایران خارج شد و در لندن اقامت کرد.
مهدی حائری کتابی با فرنام «حکمت و حکومت» در سال ۱۳۷۳ نوشته شده که در ایران امکان انتشار نیافت. او در این کتاب پافشاری می‌کند که ولایت فقیه «به معنای آیین کشورداری اساساً بدون پایه و ریشە فقهی است».
آیت‌الله کاظم شریعتمداری جزو مراجع تقلیدی بود که با مرجع تقلید خواندن آیت‌الله خمینی در سال ۱۳۴۵ از محاکمه او جلوگیری کرد. او پس از انقلاب با برخی از اصول قانون اساسی از جمله اصل ولایت فقیه مخالف بود. او معتقد بود که در رفراندوم جمهوری اسلامی به‌جای «آری» یا «نه»، باید امکان انتخاب مردم بین گزینه‌های متعدد وجود داشته باشد.
در ۱۴ آذر ۱۳۵۸ افرادی به خانه‌ی این مرجع تقلید در قم حمله مسلحانه کردند و یکی از افرادی که در پشت بام خانه مشغول پاسداری بود، کشته شد. پس از آن حامیان آیت‌الله شریعتمداری در تبریز اعتراض و برخی مراکز از جمله صدا و سیما را تصرف کردند. در نهایت نیروهای سپاه پاسداران این مراکز را از کنترل نیروهای پشتیبان آیت‌الله شریعتمداری خارج کردند و به گفته حسین موسوی تبریزی، دادستان کل انقلاب، ۱۲ نفر از افرادی که مراکز دولتی را تصرف کرده بودند اعدام شدند.
هر چند این درگیری‌ها در ظاهر پایان یافت اما نزدیکان خمینی مترصد فرصتی برای ضربه به آیت‌الله شریعتمداری بودند و در ۲۷ فروردین ۱۳۶۱ او را به اتهام نقش داشتن در کودتای صادق قطب‌زاده حصر خانگی کردند. آیت‌الله شریعتمداری تا اسفند ۶۴ در حصر ماند و تنها ۴۰ روز پیش از مرگش به بیمارستان منتقل شده بود در حالی که به گفته محسن کدیور، سران نظام جمهوری اسلامی از سال ۶۱ از بیماری سرطان او اطلاع داشتند. اما، آیت‌الله خمینی گفته بود که او «باید در خانه‌اش محبوس باشد تا با مرضش بپوسد و بمیرد».
آیت‌الله بهاءالدین محلاتی مدتی بعد از رأی به جمهوری اسلامی پشیمان شد و از اقدامات حکومت انتقاد کرد. او بیستم بهمن ماه ۱۳۵۹ در پاسخ به فتواخواهی عده‌ای نوشت که امروز «به نام اسلام و حکومت علی‌گونه و با ادعای آزادی و غیروابستگی، شاهد همان ماجراهای دردناک و تکرار مظالم گذشته هستیم». او در این نامه از موضوعاتی چون اعدام‌ها، «شکنجه متهمین و محکومین به نام تعزیر» «تهاجمی وحشتناک به دانشگاه‌ها به نام انقلاب فرهنگی» انتقاد کرد. او تأکید کرد که این اقدامات «نه‌تنها با اسلام که محمد مبشّر آن بود مطابقت ندارد بلکه مایه آبروریزی برای انقلاب اسلامی ایران است». آیت‌الله محلاتی پیش از این بیانیه، نامه‌ای به آیت‌الله خمینی با همین مضامین نوشته بود.
آیت‌الله حسن طباطبایی قمی از موضع یک فقیه سنتی مخالف ولایت فقیه و به شورای مراجع تقلید برای اداره حکومت اسلامی معتقد بود. او در دیدار با خمینی در بیمارستان نیز از مواردی چون اقدامات دادگاه‌های انقلاب، مصادره اموال افراد و تشکیل حزب جمهوری اسلامی انتقاد کرده بود. او همچنین در آخرین مصاحبه‌اش به «سلب آزادی‌های مردم»، «سانسور» و «عدم آزادی بیان»، «دخالت قضات در کارهای قانونگذاری و سیاسی» و «ایجاد دادگاه‌های کذایی» اعتراض کرد.
او در چهارم خرداد ۱۳۵۸ نیز در تلگرافی به خمینی به اقدامات حکومت اعتراض کرده بود و رهبر جمهوری اسلامی چهار روز بعد درپاسخ به این تلگراف تنها نوشت: «لزوم وحدت کلمه در این موقع که جنایتکاران به دسیسه و توطئه علیه اسلام و جمهوری اسلامی پرداخته‌اند از اهمّ وظایف است. از جنابعالی امید دعای خیر دارم».
بر اساس برخی روایت‌ها او در سال ۶۰ به حصر رفته اما درباره زمان دقیق حصر او گزارشی وجود ندارد. حصر او در دوره رهبری خامنه‌ای که به گفته محسن کدیور، حداقل یک سال شاگردش بوده نیز ادامه یافت.
آیت الله طالقانی مخالف قانون اساسی جمهوری اسلامی، ولایت فقیه و حاکمیت روحانیت بود. آیت الله منتظری در جلد نخست کتاب خاطرات خود، طالقانی را از جمله مخالفان گنجاندن اصل ولایت فقیه در قانون اساسی شمرده شده‌است. مخالفت طالقانی با ولایت فقیه را برخی دیگر از اعضای مجلس خبرگان قانون اساسی مثل ابوالحسن بنی صدر نیز یادآور شده‌اند.
علی گلزاده غفوری که در مجلس خبرگان قانون اساسی به ولایت فقیه رأی منفی داد، ولایت فقیه را شرک می‌دانست. او در نوشته‌ها و سخنرانی‌هایش پافشاری می‌کرد که جامعه توحیدی جامعه‌ای است که در آن سلطه از هر نوعش، وجود نداشته باشد، چه در خانواده و چه در محیط و چه در جامعه. به همین جهت "ولایت فقیه" را شرک و مظاهر آن را در برابر توحید می‌دید.
جمع‌بندی
با ولایت فقیه و ولایت مطلقه‌ی فقیه نه تنها اندیشمندان سکولار ایرانی مخالف بودند، بلکه عده بسیار زیادی از روحانیون برجسته با برهان‌های قوی شرعی مخالف بودند و بر این باور بودند ولایت فقیه و ولایت مطلقه‌ی فقیه هیچ پایه و ریشە فقهی ندارد.

احد قربانی دهناری

ـــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ
برای مطالعه بیشتر
کدیور، محسن. بزرگانی که با جمهوری اسلامی بیعت نکردند
https://kadivar.com/15944/
مهرابی، احسان. روحانیون ارشدی که به جمهوری اسلامی نه گفتند
https://www.radiofarda.com/a/clerics-who-said-no-to-Islamic-republic/29770031.html
گوش کنید
https://www.youtube.com/watch?v=qdy1eX_3RxU&t=2s