موضوع پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در دهه های بعد به یکی از بحث های جنجال برانگیز بین شخصت ها و جناح های سیاسی داخل ایران تبدیل شد. اکبر هاشمی رفسنجانی پیش از مرگ در سال ۱۳۹۵ از سوی مخالفان سیاسی خود متهم شد که آیت الله خمینی را به وادار به «سر کشیدن جام زهر» کرده است.

روح الله خمینی در پیامی درباره پذیرش قطعنامه ۵۹۸ گفته بود: «اما در مورد قبول قطعنامه که حقیقتاً مسئله بسیار تلخ و ناگواری برای همه و خصوصاً برای من بود، این است که من تا چند روز قبل معتقد به همان شیوه دفاع و مواضع اعلام شده در جنگ بودم و مصلحت نظام و کشور و انقلاب را در اجرای آن می‌دیدم؛ ولی به واسطه حوادث و عواملی که از ذکر آن فعلًا خودداری می‌کنم، و به امید خداوند در آینده روشن خواهد شد و با توجه به نظر تمامی کارشناسان سیاسی و نظامی سطح بالای کشور، که من به تعهد و دلسوزی و صداقت آنان اعتماد دارم، با قبول قطعنامه و آتش‌بس موافقت نمودم.»

اشاره آیت الله خمینی به «حوادث و عواملی که از ذکر آن فعلا خودداری می کند» باعث شد که سال ها پس از پایان جنگ بین ایران و عراق کشمکش بین نیروهای سیاسی داخل ایران بر سر مسئولیت شکست های ماههای پایانی جنگ و در نهایت پذیرش قطعنامه از سوی رهبر ادامه پیدا کند.

از سوی دیگر یکی از پیامدهای پذیرش قطعنامه ۵۹۸ وارد شدن اصطلاح «سر کشیدن جام زهر» به ادبیات سیاسی ایران بود. محافظه کاران در سال‌های اخیر بسیاری از مخالفان خود را به تلاش برای خوراندن «جام زهر» به علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی در ماجرای مذاکرات هسته ای متهم کرده اند. سابقه این ادعا، نامه نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس ششم به رهبر ایران در سال ۱۳۸۱ است که به دلیل جمله «اگر جام زهری باید نوشید، قبل از آنکه کیان نظام و مهمتر از آن، استقلال و تمامیت ارضی کشور در مخاطره قرار گیرد، باید نوشیده شود.» به «نامه جام زهر» مشهور شد.

اعدام های تابستان ۶۷

اعدام هایی که در تابستان سال ۶۷ و پس از پایان جنگ در زندان های ایران صورت گرفت زلزله ای بود که پس لرزه های آن طی سه دهه بعد همچنان صحنه سیاسی ایران را لرزانده است.

در جریان اعدام های سال ۶۷ چند هزار نفر از زندانیان سیاسی و عقیدتی مخفیانه به دار آویخته و سپس در گورهای دسته جمعی به خاک سپرده شدند.

اکثر زندانیان اعدام شده در ماه های مرداد و شهریور یعنی تنها چند هفته پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ از سوی روح الله خمینی اعدام شدند.

آیت الله منتظری، قائم مقام وقت رهبری از مخالفان اعدام های سال ۶۷ بود. روح الله خمینی پس از عملیات مرصاد ( عملیات «فروغ جاویدان» سازمان مجاهدین خلق) طی حکمی افرادی را مامور رسیدگی به وضعیت زندانیان سیاسی و عقیدتی کرد.

رهبر وقت جمهوری اسلامی در حکم خود نوشت: «از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آن‌ها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند، با توجه به محارب بودن آن‌ها و جنگ کلاسیک آن‌ها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آن‌ها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانه آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تا کنون، کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد، اگر چه احتیاط در اجماع است، و همین‌طور در زندانهای مراکز استان کشور رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم الاتباع می‌باشد، رحم بر محاربان ساده‌اندیشی است.»

در مورد اصالت نامه آیت الله خمینی تردیدهایی مطرح شده است. گروهی بر این باور هستند که این نامه به دست احمد خمینی، فرزند بنیانگذار جمهوری اسلامی نوشته شده است. این شبهه ها در مورد نامه ششم فروردین سال ۶۸ برای برکناری آیت الله منتظری از قائم مقامی رهبری نیز مطرح شده است. با این حال «مرکز حفظ و نشر آثار امام خمینی» این تردیدها را یک‌سره رد کرده است.

زمان دقیق آغاز اعدام ها در زندان های ایران مشخص نیست اما در کتاب های تاریخی به هفته آخر تیرماه و هفته اول مرداد ۶۷ اشاره شده است. روند محاکمه‌های کوتاه و به دارآویختن‌های فوری تا شهریورماه ادامه داشت. تعداد دقیق اعدام شدگان هرگز مشخص نشد.

دستور اعدام «زن توهین کننده به دختر پیامبر»

یکی دیگر از تصمیمات جنجال برانگیز اولین رهبر جمهوری اسلامی در سال ۶۷ به پخش مصاحبه ای در یک برنامه رادیویی در بهمن ماه آن سال بر می گردد. رادیوی جمهوری اسلامی ایران در برنامه ای به مناسبت تولد دختر پیامبر اسلام و روز زن از یکی از مخاطبانش پرسشی در مورد الگوی زنان ایرانی مطرح کرد. یکی از مصاحبه شوندگان الگوی خود را «اوشین»، شخصیت سریال ژاپنی و پرطرفدار «سال های دور از خانه» معرفی کرد. امری که به شکلی بی سابقه خشم رهبر جمهوری اسلامی را برانگیخت.

روح الله خمینی در واکنش به این مصاحبه در نامه ای به محمد هاشمی، مدیر عامل وقت صدا و سیما اعلام کرد در صورتی که ثابت شود از سوی مصاحبه شونده «قصد توهین» در کار بوده «بلاشک فرد توهین کننده محکوم به اعدام» است. رهبر وقت جمهوری اسلامی همچنین نوشت: «فردی که این مطلب را پخش کرده است تعزیر و اخراج می گردد و دست اندرکاران آن تعزیر خواهند شد.»

آیت الله خمینی در بخش دیگری از نامه خود مسئولان سازمان صدا و سیما را نیز تهدید کرده است: «اگر بار دیگر از این گونه قضایا تکرار گردد، موجب تنبیه و توبیخ و مجازات شدید و جدی مسئولین بالای صدا و سیما خواهد شد.»

صدور فتوا علیه سلمان رشدی

روح الله خمینی تنها چند هفته پس از صدور دستور اعدام «زن توهین کننده به دختر پیامبر» فتوایی علیه سلمان رشدی، نویسنده بریتانیایی-هندی صادر کرد. رهبر جمهوری اسلامی در این فتوا که در روز ۲۵ بهمن سال ۶۷ (۱۴ فوریه ۱۹۸۹) صادر شد سلمان رشدی را به دلیل نگارش کتاب «آیات شیطانی» فردی «مرتد» اعلام کرد.

صدور این فتوا نه تنها زندگی سلمان رشدی را برای همیشه تغییر داد بلکه طی چند سال به یکی از موانع جدی در بهبود رابطه دیپلماتیک ایران با کشورهای غربی به ویژه بریتانیا تبدیل شد.

متن فتوای آیت الله خمینی با عبارت «انالله و اناالیه راجعون» آغاز شده بود و در ادامه آمده بود: «به اطلاع مسلمانان غیور سراسر جهان می‌رسانم مؤلف کتاب "آیات شطانی‌" که علیه اسلام و پیامبر و قرآن، تنظیم شده است، همچنین ناشرین مطلع از محتوای آن، محکوم به اعدام می‌باشند. از مسلمانان غیور می‌خواهم تا در هر نقطه که آنان را یافتند، سریعا آن‌ها را اعدام نمایند تا دیگر کسی جرأت نکند به مقدسات مسلمین توهین نماید و هر کس که در این راه کشته شود، شهید است ان‌شاءالله. ضمناَ اگر کسی دسترسی به مؤلف کتاب دارد ولی خود قدرت اعدام او را ندارد، او را به مردم معرفی نماید تا به جزای اعمالش برسد.»

کشورهای غربی واکنش تندی به فتوای روح الله خمینی نشان دادند. بازار مشترک اروپا به دنبال صدور این فتوا عالی ترین مقام های دیپلماتیک خود را از ایران فراخواند. جورج هربرت واکر بوش، رئیس جمهوری وقت آمریکا که تنها چند هفته قبل جانشین رونالد ریگان شده بود فتوای روح الله خمینی را «توهین به هنجارهای جامعه متمدن» توصیف کرد.

از نظر بسیاری از تحلیلگران آیت الله خمینی با تصمیمات اخیرش قصد داشت نشان دهد که هر چند جمهوری اسلامی به پذیرش قطعنامه ۵۹۸ و پایان جنگ تن داده اما مبانی و اصول حکومت تغییر نکرده است.

حکم فتوا علیه سلمان رشدی از سوی بسیاری از گروه های مدافع حقوق بشر، نویسندگان و هواداران آزادی بیان مورد انتقاد قرار گرفت.

برکناری منتظری از قائم مقامی رهبری

برکناری حسینعلی منتظری از قائم مقامی رهبری تنها سه ماه پیش از درگذشت رهبر جمهوری اسلامی صورت گرفت. این تصمیم رهبر وقت جمهوری اسلامی را می توان یکی از تاثیرگذارترین تصمیمات او پیش از مرگ دانست.

مجلس خبرگان ایران در سال ۶۴ آیت الله منظری را به جانشینی رهبر وقت انتخاب کرده بود. از آن پس در رسانه های جمهوری اسلامی از حسینعلی منتظری به عنوان «قائم مقام رهبری» یاد شده بود.

اختلاف حسینعلی منتظری با روح الله خمینی بر سر اعدام های سیاسی سال ۶۷ و اعدام مهدی هاشمی، برادر داماد خود بود.

آیت الله خمینی در روز ششم فروردین سال ۶۸ در نامه ای به حسینعلی منتظری نوشت شما «صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده اید.» بنیانگذار جمهوری اسلامی در بخشی از نامه خود نوشته بود: «از آنجا که روشن شده‌ است که شما این کشور و انقلاب اسلامی عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من به دست لیبرال‌ها و از کانال آن‌ها به منافقین می‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید. شما در اکثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضعگیری‌هایتان نشان دادید که معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند. به قدری مطالبی که می‌گفتید دیکته شده منافقین بود که من فایده‌ای برای جواب به آن‌ها نمی‌دیدم. مثلاً در همین دفاعیه شما از منافقین تعداد بسیار معدودی که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می بینید که چه خدمت ارزنده‌ای به استکبار کرده‌اید.»

آیت الله منتظری یک روز پس از نامه آیت الله خمینی در روز هفتم فروردین از قائم مقامی رهبری استعفاء داد.

مجلس خبرگان ایران نیز در روز ۱۴ خرداد ۶۸ پس از درگذشت آیت الله خمینی با استعفاء و برکناری حسینعلی منتظری از قائم مقامی رهبری موافقت کرد و در همان جلسه علی خامنه ای را به رهبری جمهوری اسلام برگزید.

آیت الله منتظری در نامه ای که در اعتراض به اعدام های سال ۶۷ برای رهبر وقت جمهوری اسلامی فرستاده بود نوشته بود: «آیا می‌دانید که جنایاتى در زندانهاى جمهورى اسلامى بنام اسلام در حال وقوعند که شبیه آن در رژیم منحوس شاه هرگز دیده نشد؟ آیا می‌دانید که تعداد زیادى از زندانی‌ها تحت شکنجه توسط بازجویانشان کشته شده‌اند؟ ... آیا می‌دانید که در برخى زندانهاى جمهورى اسلامى دختران جوان به زور مورد تجاوز قرار می‌گیرند؟»

فایل صوتی جلسه حسینعلی منتظری با اعضای کمیته اعدام های سال ۶۷ در سال ۹۵ منتشر شد. قائم مقام وقت رهبری در این جلسه از اعدام های آن سال و بدرفتاری با زندانیان سیاسی انتقاد کرده بود. حسینعلی منتظری در این جلسه اعدام های تابستان ۶۷ را «بزرگترین جنایت» جمهوری اسلامی خوانده است.

در مورد نقش روح الله خمینی در برکناری آیت الله منتظری تردیدهای زیادی مطرح شده است. گروهی از شخصیت های سیاسی و تحلیلگران عامل اصلی در برکناری آیت الله منتظری را احمد خمینی، فرزند بنیانگذار جمهوری اسلامی می دانند.

علی مطهری، نماینده تهران در مجلس ایران یکی از افرادی است که اخیرا اصالت نامه عزل آیت الله منتظری را زیر سوال برده است. وی در یک برنامه تلویزیونی گفت: «اساسا آن نوع بیان شباهتی با ادبیات امام ندارد. مضاف بر آنکه از فروردین ۶۷ به بعد امام بیمار بودند و خیلی در جریان امور نبودند. علاوه بر این خط امام هم مورد تشکیک است.»

با وجود شبهه های مطرح شده آنچه مسلم است این است که تصمیماتی که به عنوان تصمیمات آیت الله خمینی در سال آخر حیات او اعلام شد صحنه سیاسی ایران در دهه های ۷۰، ۸۰ و ۹۰ را شکل داد. از جمله پیامدهای این تصمیمات می توان به ۳۰ سال رهبری علی خامنه ای اشاره کرد.