از سوی دیگر جریان معترض درون سپاه که در واقع فرماندهان لشکر محمد رسول الله و سید الشهدای تهران که مهمترین لشکر‌های سپاه در زمان جنگ بودند هستند، به نقش حسین طائب (رئیس فعلی سازمان اطلاعات سپاه) در نفوذ یک جریان سیاسی خاص به این نهاد و همچنین اقدامات حسین نجات (معاون سابق سازمان اطلاعات سپاه) در حذف سپاهیان منتقد اعتراض دارند.

آن‌ها به برخورد حذفی با چهره‌هایی، چون داوود کریمی، علی موحد دانش یا احمد متوسلیان (از مهم‌ترین فرماندهان عملیاتی سپاه در اوایل جنگ) انتقاد دارند و در مورد وقوع «کودتای خزنده در سپاه» هشدار می‌دهند. ظاهرا عبارت کودتای خزنده در این رکورد از قول آیت الله منتظری عنوان می‌شود. محسن رضایی در جایی از این رکورد هشدار داده که باید این حرف‌ها «در همین خانواده خودمان باقی بماند» و نباید نواری از جلسه آذر ۶۳، به بیرون درز کند.

در خاطرات آیت الله هاشمی در روز چهار آذر (یک روز قبل از جلسه محسن رضایی با معترضان) اینطور آمده که «شب، آقای محسن رضایی آمد. از من خواست در مراسم معرفی فرمانده سپاه مرکز که احتمال ابراز مخالفت از طرف بعضی‌ها می‌رود، شرکت کنم. گفتم صلاح نیست. نشان از ضعف شما و قدرت مخالفان است.»

جزییات جلسه معترضان سپاه با محسن رضایی

حسن بهمنی معاون وقت طرح و عملیات سپاه تهران و مسئول عملیات تیپ ۱۰ سیدالشهدا یکی از معترضان به فرماندهی سپاه است. در آن زمان تیپ ۱۰ سیدالشهدا، پس از لشکر ۲۷ محمد رسول الله [که به تازگی از تیپ به لشکر ارتقا یافته] دومین واحد رزمی بزرگ سپاه در تهران به حساب می‌آمد. او به خود محسن رضایی انتقاد کرده و می‌گوید: «اصل قضیه این است که همین الان، برادر محسن رضایی همه می‌دانند که ایشان قبل از اینکه به عنوان فرمانده کل سپاه منصوب بشوند از مسائل نظامی اطلاع نداشتند، بعد از این هم که منصوب شدند توی قرارگاه‌ها نشسته‌اند با دستیاران‌شان.»

بهمنی به انزوای افرادی نظیر احمد متوسلیان و علی موحد توسط فرماندهی وقت سپاه اعتراض می‌کند. متوسلیان پس از حمله ۱۶ خرداد ۶۱ اسرائیلی‌ها به لبنان، برای مقابله با آن‌ها به سوریه فرستاده می‌شود، که به ربایش او به دست شبه‌نظامیان لبنانی متحد اسرائیل می‌انجامد.

علی موحد دانش فرمانده سابق تیپ ۱۰ سیدالشهداست. او در زمان شهادت در جبهه، یعنی ۱۳ مرداد ۶۲، از منتقدان فرماندهی سپاه محسوب می‌شد. جانشین او کاظم نجفی رستگار هم مدتی بعد از عملیات خیبر، در انتقاد از وضعیت فرماندهی جنگ از سمت خود کناره‌گیری کرده است.

در جلسه آذر ۶۳ یکی از فرماندهان به انتصاب دوستان رضایی در سپاه اعتراض می‌کند و می‌گوید: «چون آقای محمدباقر ذوالقدر (جانشین اسبق فرمانده سپاه) با شما دوستند مسئولیت آموزش نظامی سپاه را که رکن اساسی جنگ است به او سپرده‌اند و افرادی نظیر داوود کریمی را کنار گذاشتید.»

به گزارش رویداد۲۴ داوود کریمی فرمانده ستاد عملیات جنوب در اوایل جنگ و فرمانده قبلی سپاه تهران است که در این سمت، موسس تیپ‌های ۲۷ محمد رسول الله و ۱۰ سیدالشهدا محسوب می‌شود.

در جریان این اعتراضات اکبر گنجی [که اکنون اپوزیسیون نظام شده است] نیز به حسین طائب رئیس فعلی سازمان اطلاعات سپاه هم اشاره می‌کند که در آن مقطع مسئولیت دانشکده تربیت مربی سپاه در قم را بر عهده داشت. او همچنین از نقش مصباح یزدی در شکل‌گیری افکار جریانی حرف می‌زند که در آن زمان فرماندهی سپاه را در دست داشتند. گنجی می‌گوید: مصباح می‌گفته «ما اگر از بهشتی در مقابل بنی صدر دفاع می‌کنیم داریم دفع افسد به فاسد می‌کنیم. این نوارش موجود است. این تفکرات وارد سپاه شده، این‌ها آمدند تشکیلات توی سپاه حاکم کردند.»

گنجی می‌گوید: آقای مصباح، ایشان شده ایدئولوگ سپاه. در همان زمان که این‌ها آمدند توی مرکز تحقیقات [سپاه] از این‌ها سوال می‌شد [طلبه‌های موسسه در راه حق یک دفعه آمدند مرکز تحقیقات] از این‌ها سوال می‌شد استاد شما کیست؟. تعابیری که راجع به آقای مصباح به کار می‌بردند همان تعابیری است که بچه حزب اللهی‌ها راجع به شخص امام به کار می‌بردند. این‌ها می‌گفتند بعد از امام، آقای مصباح رهبر انقلاب است.»

بعد از ظهر این جلسه محسن رضایی و محسن رفیق‌دوست نزد هاشمی رفسنجانی رفته و گزارش این جلسه را ارائه کرده‌اند. هاشمی در خاطرات ۵ آذر ۶۳ در این باره توضیح داده و گفته «آقایان اجازه تعقیب مخالفان را می‌خواستند.»

معترضان در این رکورد مدعی می‌شوند که فرماندهی وقت سپاه در واقع عامل ربوده شدن متوسلیان بوده‌اند. در جلسه ۵ آذر ۶۳ به دنبال حسن بهمنی، منصور کوچک محسنی صحبت می‌کند که بعد از ربوده شدن احمد متوسلیان، دومین فرمانده نیرو‌های سپاه در سوریه بوده است. او در قسمتی از صحبت‌هایش، به اعتراض بهمنی به سخنان علی شمخانی درباره متوسلیان اشاره کرد.

محسنی با اشاره به ربایش ۲۸ تیر ۶۱ دیوید داج رئیس دانشگاه آمریکایی بیروت می‌گوید که او بعد از ربوده شدن، به تهران انتقال یافته و قرار بوده با متوسلیان معاوضه شود، اما در نهایت منصور کوچک محسنی، اما در نوار آذر ۶۳، از این انتقاد دارد که داج بعدا با میانجیگری سوریه آزاد شده، بدون آنکه آزادیش را مشروط به تعیین تکلیف متوسلیان کنند.

یکی حاضران در بخشی از نوار خطاب به محسن رضایی فریاد می‌زند و از پرونده سازی اطلاعات ستاد مرکزی برای آیت الله منتظری شکایت می‌کند و آن‌ها را «باند خائن» می‌نامد.

این اعتراضات و عملیات خیبر در نهایت روابط فرماندهی وقت سپاه با آیت الله منتظری را مخدوش کرد. سرانجام، وی در اوایل سال ۶۸، رسما از سمت قائم مقامی رهبری عزل می‌شود.

خبرگزاری تسنیم درباره اکبر گنجی نوشته «در کشاکش اختلاف نظر برخی فرماندهان سپاه تهران با فرماندهی ارشد سپاه بر سر مسائل نظامی، برخی افراد وابسته به بیت آیت‌الله منتظری و جناح چپ سازمان مجاهدین انقلاب روی این اختلافات موج‌سواری کردند. اکبر گنجی از جمله این افراد بود.»

به گزارش رویداد۲۴ معترضان در این رکورد تاریخی همگی یا به شهادت رسیده، یا ربوده شده یا به حاشیه رانده شده‌اند. مساله احمد متوسلیان بعد از سال‌ها هنوز در هاله‌ای ابهام است.

قاسم میرزایی نکو نماینده سابق مجلس ماجرای آزاد نشدن حاج احمد متوسلیان را ناشی از کمکاری محسن رضایی و محسن رفیق دوست می‌داند و صراحتا به اختلافات احمد متوسلیان و محسن رضایی اشاره کرده است. میرزایی نکو درباره این اختلافات در یک مصاحبه گفته بود: «احمد انتقاد شدید نسبت به محسن (رضایی) داشت. به هیچ وجه با محسن نمی‌توانست کار کند. فکر می‌کنم دسیسه‌های مختلف دست به دست یکدیگر داد تا ما احمد متوسلیان را از دست بدهیم.»

او به ربوده شدن داج رییس دانشگاه آمریکایی بیروت اشاره کرده و گفته برای آزادی حاج احمد، دیوید داج که رییس دانشکده آمریکایی بیروت بود، با کمک حزب الله به تهران آورده‌شد. در حین تحقیقات روی دُج، رفیق دوست آمد و گفت که او را تحویل بدهید تا با خود ببرم. به محسن رضایی گفتم اگر بگذاریم دیوید داج برود، ضربه سنگینی به روند آزادی حاج‌احمد می‌خورد. محسن به ما گفت که شما نیز دنبال رفیق دوست و داج به سوریه بروید. بچه‌های ما نیز همراه رفیق دوست و دج رفتند، اما متاسفانه حتی نگذاشتند از هواپیما پیاده شوند. سوری‌ها دُج را بردند و به جای آن ۲۱ افسر سوری را آزاد کردند!