کشتی‌های «سیمرغ» و «شاهرخ» در خرمشهر، در ستاد فرماندهی نیروی دریایی مستقر شدند و کشتی‌های «کرکس»، «شهباز» و چند فروند شناور دیگر در بندر شاهپور در استان خوزستان. یک پایگاه دریایی هم در بندر انزلی در شمال ایران در سواحل دریای خزر قرار داشت.

ساخت شناورهای بیشتری به ایتالیا سفارش داده شده بود و ساختار نیروی دریایی ایران در حال تحول بود. اما سال ۱۳۲۰ شعله‌های آتش جنگ جهانی دوم، وضعیت را به سرعت تغییر کرد.
«محمود جم»، نخست وزیر وقت ایران با صدور بیانیه‌ای اعلام کرده بود: «دولت شاهنشاهی ایران به موجب این بیانیه، تصمیم خود را به اطلاع عموم می‌رساند که در این کارزار، بی‌طرفی خود را محفوظ خواهد داشت اما حمله آلمان به اتحاد جماهیر شوروی ایران را هم درگیر می‌کرد. انگلیس از ایران خواسته بود نیروهای آلمانی مشغول به کار در ایران را اخراج کند.»

در اردیبهشت این سال، یک ناو نیروی دریایی انگلیس بی‌توجه به اخطارهای نیروی دریایی ایران وارد آب‌های کشور شد و در لنگرگاه «خسروآباد» آبادان، در دهانه «اروندرود» لنگر انداخت. فرمانده ناو آب‌ها را متعلق به عراق و تحت فرمان بریتانیا خواند و نه تنها آب‌های ایران را ترک نکرد که شناورهای مستقر در آن در اروندرود نیز به گشت‌زنی پرداختند. ایران در عمل در آستانه اشغال بود و نیروهای شوروی از شمال و نیروهای بریتانیایی از جنوب وارد کشور شده بودند.

هم‌زمان با حمله آلمان به لهستان، پنج کشتی آلمانی در خلیج فارس از بیم واکنش بریتانیا به ایران، پناهنده شدند و در بندر «شاهپور» («امام» خمینی فعلی) پهلو گرفتند. مطابق قوانین بین‌المللی در زمان جنگ، کشتی غیرنظامی برای مصون ماندن از خسارت، می‌توانند به یکی از کشورهای بی‌طرف پناهنده شوند. مدتی بعد چند کشتی ایتالیایی هم به بنادر ایران پناهنده شدند که از دید متفقین، به منزله افزایش کشتی‌های پناهنده متحدین در ایران بود. نیروی دریایی ایران با اطمینان از این که این کشتی‌ها در بندر شاهپور دست به اقدامی نمی‌زنند که نقض بی‌طرفی ایران تعبیر شود، کشتی‌های جنگی سیمرغ و شهباز را مامور مراقبت از کشتی‌های آلمانی و حفاظت از تاسیسات ایران کرد.

اوایل شهریور، یک نفت‌کش بریتانیایی و ساعاتی بعد یک ناو این کشور در آبادان پهلو گرفتند. ناو پلنگ پیش از این برای حفاظت از پالایشگاه آبادان در یکی از اسکله‌ها لنگر انداخته بود. ناخدا «حسن میلانیان»، فرمانده ناو پلنگ مطابق تشریفات دریایی، به دیدار فرمانده ناو بریتانیایی رفت اما پس دادن بازدید او به روز بعد موکول شد. سفرای بریتانیا و روسیه در نامه‌ای به نخست‌وزیر ایران اطلاع داده بودند که از نظر این دو کشور، ایران با خودداری از اخراج کارکنان آلمانی، بی‌طرفی را نقض کرده است. در اولین ساعات روز سوم شهریور، ناوهای بریتانیایی که در میان آن‌ها کشتی‌های جنگی از استرالیا هم بودند، در بندر شاهپور و نظامیان شوروی در بندر «انزلی» شلیک توپ به مواضع ایران را شروع کردند.

ناو بریتانیایی با پشتیبانی تجهیزات نظامی مخفی شده در یک نفت‌کش بریتانیایی، ناو ایرانی پلنگ را زیر آتش گرفت. ناخدا میلانیان که روز قبل با فرمانده ناو بریتانیایی دیدار کرده و به وی خوش‌آمد گفته بود، بر اثر درگیری زخمی و کشته شد. ناو پلنگ به دست نیروهای بریتانیا در آب‌های ایران غرق شد و افسران حاضر در آن هم کشته شدند.

دستور ترک مقاومت در برابر نیروهای شوروی و بریتانیا صادر شده بود اما نیروی دریایی هنوز به مقاومت ادامه می‌داد. دريادار «غلامعلی بايندر»، فرمانده نيروی دريايی ایران در جنوب که در برابر نیروهای بریتانیایی مقاومت می‌کرد، برای تصمیم‌گیری درباره وضعیت جاری، عازم ستاد نیروی دریایی در خرمشهر شده بود که در راه، در جریان درگیری با بریتانیایی‌ها کشته شد.

برادر او، ناوسروان «یدالله بایندر»، کفیل فرماندهی نیروی دریایی ایران در دریای خزر نیز در جریان حمله هوایی و دریایی نیروهای شوروی به بندر انزلی کشته شد.

در جنوب، بریتانیا ستاد نیروی دریایی در خرمشهر را هم به آتش بست و ناو ببر را غرق کرد. سربازان هندی مامور به خدمت در ارتش بریتانیا نیز در این حملات حضور داشتند. به این ترتیب، سه مرکز مهم نیروی دریایی ایران، یعنی بندر شاهپور که کشتی‌های پناهنده آلمانی و ایتالیایی در آن پهلو گرفته بودند، آبادان که محل استقرار مهم‌ترین تاسیسات نفتی بود و سپس ستاد فرماندهی نیروی دریایی در خرمشهر مورد حمله و اشغال نیروهای بریتانیا قرار گرفتند.

نیروی دریایی خسارات فراوانی در آستانه اشغال ایران از سوی متفقین و کناره‌گیری رضاشاه از سلطنت متحمل شد.

در اسناد آمده است که در حدود ۶۰۰نفر از پرسنل نیروی دریایی ایران در جریان درگیری با بریتانیا کشته شدند. کشتی‌ها و تجهیزات نیروی دریایی ایران که برای تعمیر به ایتالیا فرستاده می‌شدند، به دلیل شروع جنگ جهانی و حضور ایتالیا در نبرد، قابل اعزام به این کشور نبود و امکان ترمیم خرابی‌های ناشی از جنگ برای نیروی دریایی وجود نداشت.

دو سال بعد، در آذر ۱۳۲۲، در جریان کنفرانس سران متفقین در تهران و نشست سه جانبه «وینستون چرچیل» نخست وزیر بریتانیا، «فرانکلین روزولت» رییس‌جمهوری امریکا و «ژوزف استالین» رهبر اتحاد جماهیر شوروی که در سفارت شوروی در تهران برای توافق درباره وضعیت جهان پس از پایان دادن به جنگ برگزار شد، بی‌طرفی ایران مورد شناسایی سران متفقین قرار گرفت و دو فروند ناو به عنوان غرامت ناوهای غرق شده ببر و پلنگ به ایران دادند.

۶۶ سال بعد، «محمود احمدی‌نژاد»، رییس‌جمهوری وقت ایران در نامه‌ای به معاون خود دستور داد کمیته‌ای برای پی‌گیری موضوع غرامت ایران در دوران اشغال جنگ جهانی دوم تشکیل شود اما این فرمان بر روی کاغذ باقی ماند. نزدیک به هفت دهه از اشغال ایران در جنگ جهانی دوم می‌گذشت و طلب غرامت قابلیتی برای پی‌گیری نداشت.