با این حال، چنین همسویی تبعات منفی قابل توجهی برای آذربایجان دارد. برای اولین بار، این موضع‌گیری منجر به اختلافات اساسی میان باکو با نزدیکترین متحد و شریک خود یعنی ترکیه شد. رجب طیب اردوغان، رئیس جمهور ترکیه که به موضع‌گیری‌های ضد اسرائیلی شهره است، اسرائیل را " کشور ترور" خواند. ابراهیم کالین، مشاور سیاست خارجی وی نیز قول داد تا زمانی که "فلسطین آزاد نشود" کشورش با اسرائیل مبارزه کند.

تعهد به آرمان فلسطین یکی از ویژگی‌های تعریف هویت سیاسی حزب حاکم اسلام‌گرا عدالت و توسعه در ترکیه (AKP) است. همچنین این منبع اصلی قدرت نرم ترکیه در جهان اسلام نیز به حساب می‌آید. برعکس اردوغان اما، الهام علی اف، رئیس جمهوری آذربایجان، به طور واضح از اسلام سیاسی و مسائل مرسوم آن مانند فلسطین حمایت نمی‌کند. سال‌ها پیش، ویکی لیکس اظهارات تمسخرآمیز علی اف در مورد سیاست خارجی اردوغان را فاش کرد و آن را ساده لوحانه و به ضرر روابط ترکیه با متحدان سنتی از جمله اسرائیل دانست. فقط یک بحران در فلسطین نیاز بود تا این واگرایی عمیق دوباره بوجود آید. اردوغان که سرمایه گذاری زیادی برای مانور بر سر پیروزی آذربایجان بر ارمنستان انجام داده بود، بدون شک از عدم حمایت برادر ترکش از او به شدت ناامید شده است.

مجازات نامتناسب اسرائیل در مورد فلسطینیان نیز باعث شده که باکو شانسی برای میانجیگری بین اسرائیل و ترکیه نداشته باشد. درعوض، این کشور ترکیه را به ایران نزدیک کرده است.

عدم محکومیت حمله اسرائیل به ویژه به مسجد الاقصی، باکو را متهم به ریاکاری در جهان اسلام می‌کند: با این اوصاف بخشی از روایت باکو متمرکز بر درگیری با ارمنستان به خاطر ادعای هتک حرمت مساجد در طول قرن چهارم یعنی در زمان اشغال سرزمین‌های آذری است. همسویی با تل آویو همچنین باعث افزایش واکنش تعداد فزاینده‌ای از مسلمانان، اعم از سنی و شیعه، در خود آذربایجان می‌شود. آن‌ها مانند هم کیشان خود در سایر کشورها، به شدت از اقدامات اسرائیل انتقاد می‌کنند. همانطور که آلتای گویوشوف از انستیتوی تحقیقات باکو خاطرنشان کرد، آن‌ها تاکنون از کارگردانی خشم خود به سمت دولت علی اف خودداری کرده‌اند، اما یک درگیری طولانی مدت، به ویژه اگر منجر به تیره‌تر شدن بیشتر روابط ترکیه و اسرائیل شود، باعث ایجاد یک سردرد داخلی برای علی اف می‌شود.

در مقایسه با ترکیه و واکنش توده‌های مسلمان در سراسر جهان و در آذربایجان، مزایای همسویی بدون قید و شرط با تل آویو برای باکو نسبتاً متوسط ​​به نظر می‌رسد. اول از همه، اسرائیل به دلیل نیاز به باکو برای انجام اقدامات اطلاعاتی علیه ایران هرگز به دنبال تیرگی روابط نخواهد بود. با این حال، حتی اگر این روابط آسیب ببیند، این فقط یک عقب گرد متوسط ​​برای آذربایجان است. لابی طرفدار اسرائیل همه کاره نیست. به عنوان مثال، دولت بایدن مصمم است که علیرغم مخالفت شدید اسرائیل، به توافق هسته‌ای با ایران بپیوندد. در درازمدت، سیاست منازعات اسرائیل و فلسطین در آمریکا به آرامی دستخوش تغییر می‌شود. ظهور چپ گرایان در حزب دموکرات باعث شده که به طور فزاینده‌ای به دنبال این باشند که وفاداری سنتی بی چون و چرا با اسرائیل را به چالش بکشند. در این شرایط، حساب کردن روی حوزه‌های انتخابیه طرفدار اسرائیل، مانند انجیلی‌ها و جمهوری خواهان، چندان به درد آذربایجان نمی خورد، زیرا آن را به یک مسئله کاملاً حزبی مانند محمد بن سلمان ولیعهد عربستان تبدیل می‌کند.

لابی طرفدار اسرائیل نیز آذربایجان را در برابر انتقادات از سوابق حقوق بشری‌اش محافظت نخواهد کرد. رویکرد ترامپ به آذربایجان، مانند سایر خودکامه‌ها، کاملاً جنبه معامله‌ای داشته است. در مقابل، دولت بایدن دفاع از حقوق بشر را به عنوان یکی از اصول راهنمای سیاست خارجی خود اعلام کرده است. آنتونی بلینکن، وزیر امور خارجه آمریکا در تماس تلفنی خود با علی اف بر اهمیت حقوق بشر و آزادی‌های اساسی تأکید کرد. در اقدامی نادر که باعث خوشحالی فعالان مدنی درگیر و خشم طرفداران رژیم شد، لی لیتزنبرگر، سفیر آمریکا در جمهوری آذربایجان با یکی از رهبران جنبش فمینیستی در این کشور به نام نارمین شاهمرزاده، دیدار و بر لزوم اطمینان از آزادی اجتماعات در آذربایجان تاکید کرد. این در واکنش به پراکندگی خشونت آمیز تظاهرات فمینیستی در باکو در ۸ مارس انجام شد.

آذربایجان قرار نیست روابط خود با اسرائیل را به خاطر فلسطین قطع کند. با این حال، روند خشونت مداوم بر این موضع صحه می گذارد که فلسطین همچنان یک مسئله اصلی در خاورمیانه است. هیچ کشوری با اکثریت مسلمان نمی‌تواند آن را به طور نامحدود کنار گذاشته یا نسبت به آن بی توجهی کند. دستاورد‌های کوتاه مدت هرچه باشد، در آغوش گرفتن دولت راست گرای اسرائیل می‌تواند بر موقعیت دیپلماتیک آذربایجان و حتی انسجام داخلی آن تاثیر بگذارد.