علت اصلی اختلاف آن دو فشار وی برای کنار گذاشتن اسفندیار رحیم‌مشایی از دولت به دلیل اتهام اثبات نشده «افکار انحرافی» بود که واکنش سنگین احمدی‌نژاد را در پی داشت. صادق لاریجانی بعد از اینکه در راس قوه قضائیه قرار گرفت محسنی‌اژه‌ای را به عنوان معاون اول خود برگزید. او در سال ٩٣حکم دادستانی کل را دریافت کرد و مدتی نیز سخنگوی قوه قضائیه بود. ابراهیم رئیسی در ابتدا می‌خواست اژه‌ای را برکنار کند اما حمایت هسته سخت قدرت اجازه این کار را نداد و محسنی اژه‌ای سمت خود را حفظ کرد. او در دهه گذشته از اعضای حقیقی مجمع تشخیص مصلحت نظام بوده است. انتخاب محسنی‌اژه‌ای که رابطه بهتری با صادق آملی لاریجانی داشت اتفاق چندان خوشایندی برای ابراهیم رئیسی نیست و در عین حال نشان می‌دهد خامنه‌ای درجه‌ای از ناهمسانی در بین روسای سه قوه و رقابت حداقلی را در نظرگرفته‌ است.

استمرار روند بعد از ریاست رئیسی بر قوه قضائیه
ارتقاء اژه‌ای به ریاست قوه قضائیه در حالی که در ٧سال گذشته نفر دوم این قوه بوده نشان می‌دهد روند بعد از انتصاب ابراهیم رئیسی استمرار و تثبیت یافته است. تا پیش از آن روسای قوه قضائیه از بین روحانیونی انتخاب می‌شدند که سابقه مدیریت در دادگستری نداشتند و بیرونی محسوب می‌شدند. فعالیت مستقیم در بخش‌های امنیتی و مرتبط با برخوردهای سیاسی و قضائی نداشتند؛ همچنین آنها از بین فقهایی انتخاب شدند که در حوزه علمیه در رده‌های اول و دوم خبرویت فقهی محسوب می‌شدند. اما ابراهیم رئیسی و محسنی اژه‌ای هر دو از مدیران قدیمی قوه قضائیه بودند، هیچیک سابقه فقهی در خوری نداشتند و سرانجام هردوی آنها نقش فعالی در بخش امنیتی جمهوری اسلامی داشته و با تضییع حقوق انسانهای بسیاری مرتکب جنایت علیه بشریت هستند.
دیگر ویژگی مشترک محسنی‌اژه‌ای و ابراهیم رئیسی حضور مستمر آنها در ساختار قدرت در کل حیات جمهوری‌اسلامی و رشد پیوسته آنها بوده است. هر دوی آنها در همه ادوار فعالیت جمهوری‌اسلامی ایران برای هسته سخت قدرت کارایی داشته و خود را با تحولات و نیازهای آن به خوبی تطبیق داده‌اند. محسنی‌اژه‌ای به لحاظ فردی از رئیسی سیاسی‌تر و تاحدی تواناتر است.
سوابق منفی امنیتی و قضائی و اکمال سیطره امنیتی‌ها بر قوه قضائیه
محسنی‌اژه‌ای اگرچه در هیات مرگ در جنایت بزرگ اعدام‌های دسته‌جمعی ٦٧حضور نداشت اما در مجموع نقش‌آفرینی او در دستگاه سرکوب و نقض سیستماتیک حقوق بشر از ابراهیم رئیسی به صورت نسبی بیشتر بوده است. در واقع اژه‌ای بیش از آنکه وجهه قضائی داشته باشد یک چهره امنیتی افراطی در چارچوب سرمشق "امنیت قبرستانی" است. انتصاب او در راس دادگستری کشور علاوه بر تثبیت چرخشی که بعد از قاضی‌القضات شدن رئیسی رخ داد، نشانگر نیاز نظام به اعمال گسترده‌تر اقتدارگرایی و مشت آهنین است.

در فضایی که شکاف حکومت - ملت به دو دنیای جدا از هم و تقابلی آشتی‌ناپذیر گسترش یافته است و از طرف دیگر دوره گذار به ولی‌فقیه آینده شروع شده‌است، نظام تصمیم به افزایش انسجام در صفوف هیات حاکمه و تقویت "جناح بازها" گرفته است. در این چارچوب سیطره نهاد ولایت‌فقیه بر قوه قضائیه به میانجیگری امنیتی‌ها تثبیت شده و به مرحله اوج رسیده‌است.
پایان شکاف مدیریت ظاهری و واقعی در قوه قضائیه
تا پیش از ریاست رئیسی یک دودستگی بین مدیریت ظاهری و واقعی قوه قضائیه وجود داشت. تصمیمات اصلی قوه قضائیه چه در دوره رهبری آیت‌الله خمینی و چه خامنه‌ای در دفتر ولی‌فقیه و مراکز امنیتی همسو گرفته شده و شعب خاص و افرادی ویژه کار را جلو می‌بردند. روسای قوه قضائیه چندان نقشی نداشته و در نهایت راهی جز همراهی نداشتند. آیت‌الله موسوی اردبیلی خودش منتقد دستگاه تحت مدیریتش بود! شیخ محمد یزدی خیلی زود فهمید لازمه ابقایش در بلوک قدرت همراهی با تندروها است اما در پشت پرده از اکبر هاشمی رفسنجانی درخواست کرده بود تا رضایت خامنه‌ای را برای برخورد با گروه‌های فشار جلب کند! هاشمی شاهرودی در ابتدای حضور قصد برخورد با نیروهای وابسته به جمعیت موتلفه و امنیتی‌ها در قوه قضائیه را داشت اما بعد از ناتوانی در برکناری سعید مرتضوی تسلیم شد. صادق لاریجانی از ابتدا با انتصاب محسنی اژه‌ای به معاونت اول قوه قضائیه نشان داد که به قواعد کار در نظام آشنا است.
اما هم رئیسی و هم اژه‌ای متعلق به بخش اصلی تصمیم‌گیر و در خدمت نهاد ولایت فقیه در قوه قضائیه هستند و چهره واقعی آن را نمایندگی می‌کنند که ضدیت با مبانی حقوق مدرن، باور به بنیادگرایی اسلامی شیعه محور، بی‌اعتنایی به سنجه‌های انصاف و اخلاق، ستیز آشتی‌ناپذیر با موازین حقوق بشری، افراطی‌گری، تقلیل قوه قضائیه با ابزار بقا و اقتدار نهاد ولایت فقیه، فقدان خبرویت فقهی و نداشتن شخصیت مستقل ویژگی‌های اصلی آن را تشکیل می‌دهند. بیگانگی با «وجدان پاک و حس عدالت تمام آدم‌های شریف» و عاری بودن از «حس همدلی انسانی و شفقت بر خلق» فصل مشترک اصلی خصوصیات شخصی رئیسی و اژه‌ای هستند.

تداوم وضعیت موجود در قوه قضائیه و بن‌بست ساختاری عدالت و فساد ستیزی
انتخاب کسی که در طول دوازده سال گذشته در سطح بالای مدیریت قوه قضائیه حضور داشته به معنای استمرار وضعیت موجود و ناممکن بودن تغییرات بزرگ و معنادار در کارویژه‌های قوه قضائیه است. سوابق محسنی اژه‌ای به تنهایی برای امتناع تحقق اهداف قوه قضائیه بر مبنای قانون اساسی موجود است که «پاسداری از حقوق مردم» و « احیای حقوق عامه و گسترش عدل و آزادیهای مشروع» و « اقدام مناسب برای پیشگیری از وقوع جرم و اصلاح مجرمین» و «گسترش و اجرای عدالت» را به لحاظ ساختاری و مدیریتی منتفی می‌سازد. حتی در حوزه فناوری نیز بعید به نظر می رسد تحولاتی رخ دهد و آهنگ تغییرات کنونی در ایجاد و گسترش «دولت الکترونیک» و « بهبود اداری» با تغییراتی محدود ادامه می‌یابد. همچنین کوچه بن‌بست فسادستیزی قوه قضائیه را تنگ‌تر و آشکارتر میسازد.
محسنی‌اژه‌ای از دهه هفتاد به بعد متهم به سوء استفاده مالی گسترده، ارتشاء و رانت‌خواری است. اکبر طبری در دفاعیاتش به صورت تلویحی به این مساله اشاره کرد. او ضمن تکذیب "انتقال پرونده از شعب برای اعمال نفوذ" مدعی شد که "فراهانی" بازپرس امنیتی را نمی‌شناخته که متهم به اعمال نفوذ از طریق ارتباط گرفتن با او است. در ادامه پای اژه‌ای را وسط کشید و گفت:« اگر چنین بوده فراهانی زیر مجموعه غلامحسین محسنی اژه‌ای بوده‌ است». همچنین به صورت غیررسمی و تاییدنشده اخباری از محتوی بازپرسی او منتشر شد که نقش «علی ترامشلو» به عنوان «قُلک غلامحسین محسنی اژه‌ای» در برخورداری از فرصت‌های ویژه برای نوسازی بافت‌های فرسوده ساختمانی در کشور را فاش ساخته بود. فقدان رسیدگی به اتهامات مربوطه و اخبار متواتر در خصوص دست‌اندازی محسنی‌اژه‌ای به اموال متهمان متمول، نفوذ آلودگی و مناسبات ناسالم تا مغز استخوان قوه قضائیه جمهوری‌اسلامی را آشکار می‌سازد.
در مجموع انتخاب محسنی‌اژه‌ای به ریاست قوه قضائیه امر غیرطبیعی نبود و استمرار مدیریت و نیروی اصلی افراطی و بیگانه با روح عدالت و سنجه انصاف حاکم بر قوه قضائیه در چهار دهه اخیر را بازتاب می‌دهد. در عین حال نشانگر تداوم کژکارکرد‌های قوه قضائیه در ناتوانی نهادینه شده در استیفای حقوق مردم، گسترش فساد سیستماتیک، ناکارآمدی و بقای نظام مجازات قرون وسطایی است. همچنین با ریاست اژه‌ای نگرش شبه‌داعشی و زمان‌پریشانه حاکم بر مبانی نظری این قوه دست نخورده باقی می‌ماند.