خانواده آیت‌الله آذری قمی روز ۱۱ آبان ضمن تکذیب این نامه نوشتند که «اتهام و دروغ بستن بر شخصی که در قید حیات نیست و امکان دفاع از خود را ندارد نشان بی‌تقوایی و بی‌عدالتی دست‌اندرکاران این سناریو» است.

خانواده آذری قمی همچنین این پرسش را نیز مطرح کرده‌اند که در صورت درست بودن ادعای عذرخواهی این روحانی سرشناس از رهبر جمهوری اسلامی، چرا او تا آخر عمر خود در حصر مانده و حتی از درمان نیز محروم بوده است؟

در این اطلاعیه اعلام شده است: «از ده‌ها نکته قابل طرح کردن در این موضوع، فقط به یک نکته اشاره می‌نماییم که مطرح کردن عذرخواهی ایشان، نظام را در برابر افکار عمومی و تاریخ در مظان اتهامی بزرگ و بی‌سابقه قرار می‌دهد که فردی را که در هیچ دادگاه رسمی، قانونی و عادلانه محاکمه نشده، ظالمانه بر حصر یا به عبارت دقیق‌تر به زندان خانگی محکوم شده است را علی‌رغم اظهار ندامت و عذرخواهی با قساوت هم‌چنان در حصر نگه می‌دارد و حتی امکان ملاقات با ایشان را از اقوام و دوستان دریغ می‌کند و حتی در مدت بستری بودن در بیمارستان و تحت درمان بودن نیز از فشار بر ایشان دست نمی‌کشد و این رفتار ضداخلاقی و ضدانسانی را تا آخرین لحظه حیات ایشان ادامه می‌دهد، از یک حکومت که داعیه اسلام و رأفت و رحمت دارد، فرسنگ‌ها فاصله دارد.»

در نامه منسوب به آیت‌الله آذری قمی در خبرگزاری تسنیم تاریخ نامه خرداد ۱۳۷۵ ذکر شده بود. با این حال در دستخط منتشر شده در خبرگزاری فارس تاریخ این نامه ۲۷ اردیبهشت ۱۳۷۶ است.

حدود دو هفته پس از تاریخ این نامه ادعایی، آیت‌الله آذری قمی در نامه‌ای به جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اعتراضات سابق خود به مطرح شدن موضوع مرجعیت رهبر جمهوری اسلامی و دخالت‌های او در حوزه علمیه قم را تکرار کرده است. این اعتراض‌ها از سال ۱۳۷۲ آغاز شده بود و در سال ۱۳۷۶ به اوج خود رسید.

در خاطرات اکبر هاشمی رفسنجانی در پاییز سال ۱۳۷۶ نیز او بیش از ۱۰ بار با مقامات مختلف جمهوری اسلامی درباره اطلاعیه‌ها و مواضع آیت‌الله آذری قمی و آیت‌الله منتظری علیه اعلام مرجعیت رهبر جمهوری اسلامی سخن گفته است.

بر اساس این خاطرات، رهبر جمهوری اسلامی خود در چندین جلسه به مواضع آیت‌الله آذری قمی و آیت‌الله منتظری واکنش نشان داده و خواستار «خنثی شدن» این اقدامات «در نطفه» شده است.

از جمله هاشمی رفسنجانی در خاطرات ۲۵ آبان ۱۳۷۶ خود نوشته است: «شب میهمان رهبری بودم. درباره حرکت خطرناک آیت‌الله منتظری، به‌دنبال تحرک آقای آذری [قمی]، مذاکره کردیم و لازم دیدیم که نباید بگذارند، دامنه فتنه وسعت بگیرد. آخر جلسه، آقایان [قربانعلی] دُری [نجف‌آبادی]، وزیر اطلاعات و آقای [علی‌اصغر میر] حجازی آمدند. آقای دُری، گزارش کامل داد و رهبری تاکید کردند که جریان باید در نطفه خنثی شود.»

در خاطرات روزهای بعد اکبر هاشمی رفسنجانی به حملات گروه‌های موسوم به لباس شخصی به دفاتر آیت‌الله منتظری و آیت‌الله آذری قمی اشاره شده است.

در خاطرات آذر ماه اکبر هاشمی رفسنجانی نیز چندین بار به موضوع نامه‌های آیت‌الله آذری قمی اشاره شده است.

او در خاطرات روز ۲ آذر ۷۶ نیز نوشته است: «شب میهمان رهبری بودم. سرماخوردگی دارند. درباره راه‌های خنثی کردن سم‌پاشی‌های اخیر و سخنرانی ایشان در چهارشنبه و خطبه جمعه آینده مذاکره شد. از حمایت‌های مردمی خیلی راضی‌اند و فکر می‌کنند که خودجوش است. خبر دادند که در دفتر آقای آذری [قمی]، متن اعلامیه دست‌نویس با امضای آقای آذری به ‌دست ‌آمده که صریحا به رهبری به‌عنوان جنایتکار و ظالم حمله کرده و با روایت (من مشی الی سلطان جابر) کسی که به سوی حاکم ستمگری برود، پس او را به تقوی و پرهیزگاری امر و موعظه کند و بترساند، برای او مثل پاداش همه جن و انس و مثل اعمال نیک همه جن و انس خواهد بود، شروع‌ شده است.»

اکبر هاشمی رفسنجانی در خاطرات پنج‌شنبه ۶ آذر ۱۳۷۶ نیز به نامه آیت‌الله آذری قمی به رهبر جمهوری اسلامی اشاره کرده که در آن او برای محاکمه اعلام آمادگی کرده است، به شرط اینکه قاضی از مراجع قم باشد و اخبار دادگاه و دفاع پخش شود.

در خاطرات بعدی اکبر هاشمی رفسنجانی چند ماه خبری از آیت‌الله آذری قمی نیست و در این مدت این روحانی سرشناس مانند آیت‌الله منتظری در حصر است.

حدود یک سال بعد اما بار دیگر در خاطرات اکبر هاشمی رفسنجانی به نام آیت‌الله آذری قمی اشاره می‌شود و آن هم زمانی است که فرزند او به نزد هاشمی رفسنجانی می‌آید و می گوید که پدرش سرطان دارد.

بر اساس نقل قول‌ها، آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به سخنان «محمد مومن»، عضو شورای نگهبان، درباره احتمال مرگ آیت‌الله آذری قمی در حصر به دلیل بیماری گفته بود: «به درک!»

در مطلب خبرگزاری تسنیم این سخنان محمد مومن تکذیب شده است، اما محسن کدیور شامگاه یکشنبه در برنامه لایو تاکید کرد که احمد منتظری این سخنان محمد مومن را برای او نقل کرده است.

آیت‌الله آذری قمی که به سرطان خون مبتلا بود و در سال ۱۳۶۵ یک بار درمان شده بود، بار دیگر در حصر بیماری او شدت گرفت و به بیمارستان پاستور نو در تهران منتقل شد.

محسن کدیور در کتاب «فراز و فرود آذری قمی» با اشاره به شواهدی از جمله سخنان خانواده، مرگ او را مشکوک می داند. بر اساس روایت خانواده آیت‌الله آذری قمی، او روز ۱۰ بهمن ۱۳۷۷ و در بیمارستان با دیدن مطالب روزنامه‌ها درباره قتل‌های زنجیره‌ای می‌گوید که قصد دارد درباره صدور فتوای قتل‌ها سخن بگوید.

بر اساس این روایت، در همان روز دو پرستار مرد به آیت‌الله آذری قمی آمپول تزریق کردند و او بعد از چند ساعت در حال سکته مغزی قرار گرفت و ۱۱ بهمن به بیمارستان خاتم‌الانبیا وابسته به سپاه پاسداران منتقل شد و ۲۲ بهمن درگذشت.

اسفند سال ۱۳۷۷ و حدود یک ماه بعد از درگذشت آيت‌الله آذری قمی، پسـر او برای ملاقات دكتر «جهانگير مهدی‌فر»، پزشک معالج پدرش، بـه بيمارستان پاستور نو می‌رود و متوجه می‌شود كه او يك هفته بعد از درگذشت بيمارش از دنيا رفته است و شنیده‌ها حکایت از درگذشت او در تصادف دارد.

«اقدس برقعی»، همسر آيت‌الله آذری قمی نیز همراه با همسرش در حصر و دچار محدودیت بود و در ماه ششم حصر دچار سکته مغزی شده و زمین‌گیر شد و پنج ماه بعد از همسرش از دنيا رفت.

آیت‌الله آذری قمی از جمله حامیان رهبری آیت‌الله خامنه‌ای بود و در فیلم افشا شده از مذاکرات مجلس خبرگان رهبری نیز بخشی از سخنان رد و بدل شده بین او و دیگران مشخص است.

او در همان جلسه در عین حال درباره جایگاه فقهی خامنه‌ای ابراز تردید کرده و زمانی که خامنه‌ای در تلاش برای انصراف خبرگان از انتخاب خود گفته بود: «همین آقای آذری که اسم بنده رو آوردند، من اگر حکم بکنم، ایشان قبول خواهند کرد؟ قطعا قبول نمی‌کنند...»، پاسخ داده بود: «بله، ما که قرار نیست از شما تقلید بکنیم.»

آذری قمی از سال ۱۳۷۲ با تلاش های حامیان رهبر جمهوری اسلامی برای مطرح کردن او به عنوان مرجع تقلید شدیدا مخالفت کرد.

هاشمی رفسنجانی در خاطرات ۶ دی ۱۳۷۲ نوشته که فرماندار قم «مطالب پیاده شده از نوار صحبت آقای [احمد] آذری [قمی] در درس را داد که با مرجعیت آیت‌الله خامنه‌ای مخالفت کرده است.»