موسوی خوئینی‌ها البته مرد سکوت است. بر خلاف بسیاری سیاستمدارن مثل هاشمی رفسنجانی که صد‌ها مصاحبه و هزاران صفحه خاطرات نوشته‌اند، موسوی خوئینی، مدیر یکی از مهمترین روزنامه‌های بعد از انقلاب، اهل پاسخ نبوده است. گرچه او مدافع صریح اللهجه هاشمی رفسنجانی بود، اما به نقد‌های مهمی که به او وارد شد، پاسخ نمی‌گوید. همین است که او هنوز برای ابراز همدردی نامه می‌نویسد. زمانی هم ماجرا تغییر می‌کند و پس از مرگ هاشمی مصاحبه‌ای تند علیه او می‌کند: «وجه منفی رویکرد آقای هاشمی این بود که در مسیر هدفش، اگر معتقد بود کاری باید انجام شود، دیگر هیچ مانعی را بر سر راه نمی‌پذیرفت؛ چه این مانع قانون باشد، چه اشخاص و حقوق دیگران.»

خویینی‌ها در تنها واکنشی که نسبت به این حرف‌ها درباره خود داشته است، می‌گوید: «در سال‌های اخیر کتابی به نام شنود اشباح منتشر شد که در ارتباط با من یادداشت‌هایی را از مجلات خارجی جمع‌آوری کرده بود و مرا این طور معرفی کرد که یک عنصر وابسته به شوروی هستم، تحصیلاتم نیز در دانشگاه پاتریس لومومبا در مسکو بوده است. این کتاب این‌طور می‌خواهد القا کند که، چون من از نزدیکان امام بودم، خواسته‌های شوروی را به امام القا می‌کردم. حتی به خاطر دارم نخستین سالی که بنده به عنوان امیرالحاج به مکه مشرف شدم، در تمام نشریات عربستان این مطالب را چاپ کردند که بگویند این کسی که آمده، مارکسیست است و وابسته به شوروی‌هاست و اصلا بزرگ شده مسکو است.»

ابهام دیگر به ماجرای شهادت رجایی و باهنر باز می‌گردد. موتلفه اسلامی به رهبری لاجوردی در آن زمان معتقد بود بهزاد نبوی و خسرو تهرانی در ترور شهید رجایی و شهید باهنر دست داشتند. موسوی خوئینی، اما امام را قانع کرد که این افراد بیگناه بودند. در این میان تقی محمدی هم خودکشی می‌کند.

اما سومین ابهام، نه در راستای ابهامات بالا که برعکس آنهاست. موسوی خوئینی که پیش از انقلاب به خاطر تهیه اسلحه برای مجاهدین خلق متهم شده بود و بعد از انقلاب هم به خاطر تحصیل در مسکو و شهادت رجایی، به ارتباط با گروهک‌ها و شوروی متهم می‌شد، در جریان اعدام‌های دهه شصت، دادستان کل کشور بود. درباره نقش موسوی خوئینی‌ها در این اعدام‌ها ابهامات زیادی وجود دارد که هنوز پاسخ داده نشده است، اما نکته جالب اینجاست که موسوی خوئینی که هرگز شاگرد امام خمینی نبود و بیشتر به خاطر نزدیکی با آیت الله منتظری مشهور بود، بعد از مواضع آیت الله منتظری درباره اعدام‌ها، خود را چپ خط امام نامید! حتی مجمع روحانیون مبارز در دهه هفتاد هم بیانیه‌هایی در نقد مرحوم منتظری منتشر می‌کرد.

موسوی خوئینی بعد از حوادث ۸۸ نیز تصمیم به سکوت گرفت. مرد تندروی دیروز، که اولین فعالیت سیاسی‌اش اعتراض به آیت الله گلپایگانی و دفاع از قرائت مبارزاتی از شیعه بوده است، سال‌هاست که دوست دارد مورد اعتماد حاکمیت باشد. حتی اگر حاکمیت او را طرد کرده باشد.