غیر از طالقانی و دیگر مُلایان ، حوزه علمیه قم در اعلامیه ای - متن منتشر شده آن درنشریه مجاهد، ش.3، 1 مرداد 1351 - نوشت که تروریست های مجاهدین خلق را "شهید اند که اصالت های فکری اسلامی و دید صحیح و انقلابی از قوانین آزادی بخش قران در جنبش آنهاست" (!) همین سخنان بی پایه ، تبلیغات و جار و جنجال ها و اساس دفاع از تروریسم اسلامی توسط روحانیون مبارز ایرانی در خارج از کشور هم تکرار می شد ( قطعنامه 5 فروردین 1352) و انگار کسی هم حق نداشت به این حافظان قران و جوانان اهل نماز، اما تروریست و کله خراب از گل کمتر بگوید!

هرگز طالقانی درباره ترورها و انفجارهای مهیب و قتل ها ، تخریب پل و سد و انفجارها و ... که توسط فرزندان اخلاق گرا و بچه مسلمان های تروریست مجاهدین خلق سخنی نگفت. البته این مُلای شیفته تروریست ها می دانست که مجاهدین خلق شترمرغ وار می پرند و هر جا لازم بود مارکسیست بودند و جایی که بیشتر صرف می کرد، اسلامی می شدند. و می دانست که در خانه های تیمی، روابط جنسی آزاد بین زن و مرد مجاهد برقرار بود ( مانند سیمین صالحی و بهرام آرام) و اعضایشان را برای خلق، ایثار می کردند! ( بشیری، ص. 461) بعدها منیژه اشرف زاده کرمانی، در آبان 1354 اعتراف کرد که همخوابگان مردها و همسران سازمانی مردها بودند! ( بشیری، ص. 476)

یا دورانی که بهرام آرام و محمدتقی شهرام توسط اعظم طالقانی و خلیل رضایی به آیت الله سرخ طالقانی ، هاشمی رفسنجانی، لاهوتی اشکوری، مهدوی کنی، منتظری، ربانی شیرازی، معادیخواه و ... تماس و ارتباط داشتند. حتی در ملاقاتی که وحید افراخته، بهرام آرام و تقی شهرام در منزل غیوران با طالقانی داشتند، طالقانی موافقت کرد که هواخواهانش، وجوه شرعیه را به سازمان تروریستی مجاهدین خلق بپردازند. (بشیری، ص 476)

طالقانی در توجیه این مساله گفت که " اگر این ها کمونیست هم باشند، چون هدف شان مبارزه با شاه و سرنگونی رژیم است، باید به آنها کمک شود". این پیام در عراق، مورد تائید خمینی قرار گرفت! پس از آن توافق، بازاریان مقلد خمینی و طالقانی و برخی از مراجع شیعی، وجوه شرعی از کانال افراد مورد تائید خودشان - ماند بدراخوان، رضائی و غیوران - به تروریست های مجاهدین خلق پرداختند. از همان مبالغ، مجاهدین هم در شمال تهران، خانه تیمی می گرفتند و هم اتومبیل های نو می گرفتند. وجوه شرعی با حیله طالقانی و چند مُلای شیعه، صرف تروریسم اسلامی و بمب گذاری و انفجار و تخریب می شد!

مسعود رجوی، بارها و بارها به مداحی از طالقانی پرداخت . مُلای دیگری مانند محمد دعایی در نوشته ای افشا کرد که طالقانی در موقع دستگیری تروریست های مجاهدین توسط عراق، پیامی با مرکب نامرئی برای خمینی فرستاد تا به دفاع برخیزد! (جمهوری اسلامی، 16 تیر 1359، ش 317) مجاهدین خلق در دوران ها ی متفاوت - دوران ابتدایی تاسیس ؛ دوران تخریب و ترور ( 1350-1354) و دوران اضمحلال و انشعاب و .. ( 1354-1357) - مورد حمایت بازرگان و طالقانی و خمینی بود.

از یک سو، ساواک و کمیته مشترک ضد خرابکاری در تعقیب چنین تروریست هایی اسلامی و مارکسیست بودند تا دستگیرشان کنند؛ از آن سو نمایندگان تروریست های اسلامی در خارج از کشور، در بوق های خود می دمیدند و به دنبال قهرمان ساختن و مبارز ساختن از تروریست ها و آدمکشان و بمب گذارها و سارق ها بودند. وقتی که در گشت کمیته مشترک ضد خرابکاری، وحید افراخته و محسن خاموشی توسط سرگرد اسدالله بختیاری و سروان محمد توکلی دستگیر شدند (شامگاه دوشنبه، ۶ مرداد ۱۳۵۴). وحید افراخته، فورا با ساواک به همکاری پرداخت. در بازجویی ها، افراخته در اعترافات 1000 صفحه ای ، افشا کرد که وظیفه آنها ترور آمریکایی ها و سرقت بردن مدارک برای تحویل به شوروی است و رابطه شان هم خلیل رضایی و طالقانی است ( بشیری، ص. 477) . در این جریان ها گروهی از مُلایان مدافع و مرتبط با تروریسم دستگیر شدند؛ مانند : طالقانی، هاشمی رفسنجانی و حسینعلی منتظری و لاهوتی. به جرم رابطه رهبران نهضت اسلام با تروریسم اسلامی- مارکسیستی ، ساواک آنها را دستگیر کرد! واقعا این افراد را می توان زندانی سیاسی نامید؟ واقعا باید پرسید که در کدام کشور متمدن جهان، چنین تروریست هایی دستگیر نمی شوند؟

عاقبت، "طالقانی در دوم آذر 1354 توسط دادستان ارتش دستگیر و زندانی شد. زمانی است که هنوز امیر عباس هویدا نخست وزیر است و نعمت الله نصیری ریاست ساواک را برعهده دارد. علت دستگیری طالقانی، افشای ارتباطش با سازمان تروریستی بود. پس از دستگیری وحید افراخته و محسن خاموشی دو تن از اعضای سازمان، ارتباط و کمک طالقانی به سازمان افشا شد".[تاریخ شفاهی؛ زندگینامه سیاسی آیت الله طالقانی، علیرضا ملائی توانی، نشر نی، 1389] ظاهرا وحید افراخته در بازجویی ها به ساواک گفته بود که " طالقانی همیشه مدافع این گروه و این مبارزه بوده است ". و در گزارش ساواک نیز آمده است: «طالقانی ضمن برقراری ارتباط با افراد فعال کادر مرکزی گروههایی همچون سازمان مجاهدین خلق، نهضت آزادی و جبهه ملی ایران در زمینه های مختلف به منظور پیشبرد مقاصد خرابکارانه فعالیت نموده است. یاد شده فردی است فوق العاده متعصب که درصدد گسترش فعالیت های ضد امنیتی بوده و امکان فعالیت حادتر از ناحیه مشارالیه متصور می‌باشد». [ همان]

لطف الله میثمی در یک برنامه ای در پاسخ به پرسش اعظم که " آیا آیت الله طالقانی به طور مطلق به مبارزه مسلحانه اعتقاد داشت و یا آن را دوره ای می دانست؟ اظهار کرد:" خط مشی دوره محدودی دارد. من خودم چریک بودم، اما بعد از انقلاب انرژی خود را روی مسائل فرهنگی متمرکز کردم. دلیل ندارد که مبارزه مسلحانه ابدی باشد. در آن زمان بسیاری از بزرگان از جمله مرحوم مطهری و باهنر هم مبارزه را تأیید می کردند."! [گزارش خبرگزاری آنا، میزگردی با حضور محمد مهدی جعفری، محمد محمدی گرگانی و لطف الله میثمی ؛ مراسم سالروز محمود طالقانی ، محل کانون توحید، تهران ، ۱۹ شهریور ۱۳۹۴]

در مورد محمود طالقانی و دخترش ( اعظم ) آقای ر. در ساواک چنین به یاد می آورد: " این آیت الله، زندگی پر نشیب و فرازی دارد. مجتبی طالقانی ( پسر طالقانی) عضو تروریست های فدائیان خلق بود و مدتی هم به سازمان پیکار پیوست و اعظم طالقانی، عضو تروریست مجاهدین خلق بود. تمام شایعات که درباره شکنجه طالقانی و دخترش گفته شد از ناحیه همین گروه ها بود تا به نوعی مظلومیت و معصومیت برای پدر خوانده تروریست های مجاهدین خلق به وجود آورند. مثلا پشت طالقانی را اتو کرده اند و یا سینه های دخترش را بریده اند به جدی از مجاهدین این شایعات شنیده شده اند.

"هرچند رژیم، طالقانی را به دلیل بیماری و پیری و جایگاه ویژه وی در نزد مردم از شکنجه معاف کرده بود اما شکنجه شدگان را با بدنی خونین به اتاق وی می‌فرستادند تا شکنجه روحی شود. وی تا مدت‌ها در زندان بلاتکلیف بود، نه کیفر خواستی علیه او صادر کرده بودند و نه دادگاهی تشکیل دادند... به خاطر دامنه اعتراضات مردمی رژیم پهلوی راهی جز آزادی زندانیان سیاسی در پیش ندارد به همین دلیل هم در شامگاه 8 آبان ۱۳۵۷ ، آیت الله طالقانی ب- به همراه منتظری - از زندان آزاد می شود تا آزادی وی به دلیل سوابق و جایگاهش بازتاب وسیعی در محافل داخلی و خارجی داشته باشد. به این صورت که از صبح هشتم آبان عده زیادی از مردم در مقابل در زندان اجتماع کرده و برای آزادی آیت الله طالقانی لحظه شماری می‌کردند. "( روزنامه دنیای اقتصاد، ۱۳۹۸/۰۸/۸ به نقل از ایرنا) شاید سخنان پرت و پلای طالقانی را باور کرده بودند " هر عـملی از فـرد مجتهد،باید مطابق با موازین اجتهاد باشد" و یا دروغ های شاخدار که پس از 1357 در رسانه ها در مورد وی منتشر کرده اند (خاطرات خودنوشت طالقانی ؛ ماهنامه شاهد یاران یادمان فجر، بهمن 1387 صص. 12 تا 16)

در واقع امر، همان جامعه موقع مرگ و غسل و خاک سپاری طالقانی (۱۹ شهریور ۱۳۵۸)، دیدند که هیچ نشانه ای از شکنجه وجود نداشت! البته پس از 1357 هم اعظم طالقانی همه شکنجه ها را گاهی تکذیب می کرد و گاهی به مشت و لگد و شلاق تخفیف می داد! اما اعظم می دانست که پدرش به هنگام بازداشت، در محیطی خارج از محدوده سلول ها در یک اتاق مبله شده شهربانی با در اختیار داشتن همه وسایل ها از جمله کتاب های فراوان زندگی می کرد و آنهم به خاطر احترام سنتی به لباس مُلاها بود. و اعظم دستگیر شد چون با مجاهدین رابطه داشت و در جریان تعقیب و مراقبت، موقع ملاقات با یک تروریست دیگر در تقاطع خیابان ایران، دیده شد. سپس دستور دستگیری او صادر شد.

اعظم طالقانی، گاهی هم قصه هایی دروغ و شاخدار می بافت. مثلا در گفتگو با نشاط گفت : " شکنجه‌های مأموران رژیم پهلوی به‌ویژه ساواکی‌ها منحصر به ‌فرد بود، یادم می‌آید زمانی که بازداشت بودم برخی‌ها را در اتاق بازجویی شکنجه می‌کردند تا به امام فحش دهند اما آن‌ها به‌جای ناسزا و بدوبیراه شکنجه را تحمل و برای امام صلوات می‌فرستادند.... مرا لو دادند. من در سال 54 دستگیر شدم. زمان امتحانات تجدیدی بود که دو نفر آمدند مدرسه مرا بازداشت کردند.... من 10 شهریور 54 دستگیر و 10 شهریور 56 آزاد شدم..... غیر از کمیته مشترک در زندان اوین و قصر هم زندانی بودم. تلاش آن‌ها این بود که از من علیه آیت‌الله طالقانی دستخطی بگیرند و برای پدرم پرونده‌ای درست کنند. وقتی من دستگیر شدم حدود 300، 400 زن دیگر زندانی و تحت شکنجه‌های ناجور و فجیع بودند. یادم می‌آید خانم کبیری را طوری شکنجه کرده بودند که دچار صرع و تشنج شده و پاهایش گوشت آورده بود... ما در داخل شکنجه می‌شدیم و بچه‌هایمان از بی‌تابی و بهانه مادر بیرون از زندان.
یادم هست کوچک‌ترین فرزندم که آن زمان اول دبستان بود پس از آزادی من از زندان با من حرف نمی‌زد حتی از دست من غذا نمی‌گرفت، 5 سالش بود به زندان رفتم، کلاس اول بود که برگشتم؛ بعدها متوجه شد ماجرا چه بود ولی آن زمان به او گفتند مادرت معلم است و رفته تا به پاسبان‌ها درس بدهد. " [۱۱ آبان ۱۳۹۸ و ( ایرنا، ۴ آبان ۱۳۹۸) ]

پس از دستگیری، فریدون توانگری ( آرش ) بازجوی اعظم بود. [ فریدون به اتفاق بهمن نادری پور ( تهرانی) توسط مُلاها پس از بلوای 1357 کشته شدند] در جریان بازجویی، احترام و ادب بازجوها را تاب نیاورد و اعظم به صورت بازجو تف انداخت و توانگری هم سیلی محکمی به گوش اعظم زد! و همین کافی بود تا مجاهدین خلق و مُلایان برای او قصه ها بسازند! (اعظم طالقانی، پس از تحمل شکنجه‌های وحشیانه عُمّال رژیم پهلوی، به زندان افتاد و تا سال 1356، در زندان بود. او پس از آزادی، دوباره فعالیت و مبارزه علیه رژیم پهلوی را از سر گرفت و در کنار دیگر زنان مبارز و انقلابی، حضوری پررنگ و تأثیرگذار در جریان انقلاب داشت. / شکنجه دختر برای شکستن پدر؛ روزنامه خراسان؛ 1398/08/11) و یا "ساواکی ها دختر 14 ساله ام را مقابل چشمانم شکنجه می کردند و آقای طالقانی هم در زندان تحت شکنجه های سخت ساواک قرار داشتند" (خاطرات مرضیه حدید چی (دباغ ) در گفت وگو با قدس؛ چهارشنبه ۱۹ بهمن ۱۳۹۰ )

در جریان یک درگیری تروریستی در مشهد، یک مامور شهربانی کشته شد. و دختری به نام بتول فقیه دزفولی دستگیر شد که البته زخمی شده و مدتی را در بیمارستان گذرانده بود. (بتول بعدها در زندان جمهوری اسلامی در پائیز 1360 اعدام شد) پس از دستگیری در زندان و به دنبال اعترافاتش و توصیه برادرش (خلیل - محمدعلی- فقیه دزفولی ؛ برادر دوقلویش اسدالله (جلیل ) فقیه دزفولی) با ساواک همکاری صمیمانه ای را آغاز کرد.

"برای گرفتن اطلاعات با اعظم طالقانی هم سلول شد. سه چهار روزی از این ماجرا گذشته بود که یک روز صبح وقتی من می خواستم به اتاق رئیس کمیته مشترک ضد خرابکاری بروم، خلیل فقیه دزفولی صدایم زد و گفت که با من کار خصوصی دارد. خلیل در حالی که به شدت گریه می کرد، بخاطر دوستی و صمیمیتی که در جریان همکاری پیدا شده بود، از من خواست که ترتیب انتقال خواهرش بتول را به یک سلول دیگر بدهم. گفتم بتول اصلا به این سلول فرستاده شده که از اعظم، کسب اطلاعات کند. چطور چنین چیزی امکان دارد؟ خلیل به اصرار خود افزود و چون واقعا پسر خوبی بود و دلم می خواست که کاری برایش انجام دهم، پس از اصرار بسیار از جانب من، از ملاقات با خواهرش گفت و با شرم بسیار اظهار داشت که خواهرش به او گفته که همان شب اول، اعظم طالقانی در سلول از او تقاضای همجنس بازی کرده است. ماجرا داشت جالب می شد. بهرحال به بهانه بازجویی، بتول را از سلول بیرون آوردیم و او نیز عین ماوقع را با شرم و خجلت بسیار، تعریف کرد. به این ترتیب، بتول فقیه دزفولی را به سلول دیگر فرستادیم و این بار آذر سرخوش - دختر صاحب چلوکبابی ملی در سرچشمه - را با اعظم هم سلول کردیم. این بار هم گند قضیه بالا آمد. در حالی که ما توانسته بودیم، نوار مذاکرات آنها را ضبط کنیم. بعد از آزادی اعظم طالقانی از زندان، منابع فنی ما متوجه شدند که اعظم همین روابط را با 2 نفر از شاگردان مدرسه اش هم دارد. اسم نوارهای ضبط شده در این مورد را «شمشک» گذاشته بودیم و سرانجام در یکی از بازجویی ها که اعظم مقاومت می کرد، ناگزیر به پخش آن در برابر خود او شدیم و تهدید کردیم که چنانچه اعتراف نکند، نوار را برای پدرش هم خواهیم گذاشت. اعظم گریه می کرد و معتقد بود چنانچه پدرش این نوار را بشنود، سکته خواهد کرد و ما نیز اصرار داشتیم که اگر اعتراف نکند، آن را برای پدرش خواهیم گذاشت. به این ترتیب، پس از آنکه اعظم از زندان آزاد شد، به این گمان که شاید این نوار توسط ساواک و یا کمیته تکثیر و توزیع شود، پیشدستی کرد و آن شایعات را پراکند که اگر نواری توزیع شد مثلا بگوید آن ها ساختگی است و یا به زور ضبط شده است. اما وقتی دید که خیر، حتی پس از ان 1357 هم از آن استفاده نشده ، شایعاتی را که خودش ساخته بود، پس گرفت و تکذیب کرد!"[ بشیری، قصه ساواک، صص 482-484]

بعد از مرگ اعظم طالقانی، برخی به مرثیه سرایی پرداختند. عزت الله ضرغامی ( رئیس سابق صدا و سیمای رژیم ) در حساب توییتری خود نوشت: «‌اعظم طالقانی، دختر مبارز "مجاهد نستوه" آیت الله طالقانی از میان ما رفت. خدایش رحمت کند. یک بار پای درد دلش نشستم. می گفت برخی اوقات، زنهای خیابانی را سوار می کند، به آنها محبت کرده و مقداری پول به آنان می‌دهد.» [پایگاه خبری جماران، ۱۳۹۸/۰۸/۰۹] !

طالقانی دو همسر به نام‌های بتول و توران و از هر همسر خود 5 فرزند داشت. یکی از پسرانش از همسر اول، مهدی طالقانی، در گفتگویی می گوید: " آقا همیشه عدالت را رعایت کرد از هر همسر خود 5 فرزند داشت، حتی در جنیست هم عدالت بود یعنی 5 پسر و 5 دختر " . او در ادامه می افزاید: "وقتی سال 54 اعظم خانم را دستگیر کردند، آقا زندان بود. در سال 54 اکثر روحانیون مثل آقایان مهدوی کنی، منتظری، هاشمی و دیگران را به اتهام حمایت مالی از گروه های مسلحانه علیه رژیم پهلوی مثل مجاهدین خلق گرفتند. البته یکی از اتهامات آنها را این مسئله اعلام کردند" [خبرآنلاین ؛ ۱۸ شهریور ۱۳۹۵]

آقای «ق» ، کارمند ساواک ، در گفتگو با بشیری می گوید : "عده زندانیان، اعم از آخوندهای بی وطن، تروریست ها، مارکسیست ها و جاسوسان مزد بگیر خارجی، هرگز از رقم 3228 نفر تجاوز نکرد. ازین عده در سالهای 55 و 56 به مناسبت صدمین زاد روز اعلیحضرت رضا شاه کبیر، یکهزار نفر آزاد شدند. به صراحت می گویم که آن عده از کسانی که در زمان نخست وزیری شریف امامی و شاپور بختیار، آزاد شدند، تروریست هایی بودند که در هر نقطه از دنیا قرار داشتند و از هر ملیتی که بودند، جز زندان کیفر دیگری نصیب شان نمی شد! ... [دوم آبان سالروز باز شدن «بی‌قید و شرط» و «ناگهانی» درهای زندانهای قصر، اوین و قزل حصار روی ۱۱۲۶ زندانی سیاسی است که از چند ده تا چند صد ماه سابقه زندانی در زندانهای ساواک داشتند. جمعه / ۲ آبان ۱۳۹۹..... پس از آزادی زندانیان سیاسی، روزنامه ها از زبان ناصر مقدم، رییس ساواک نوشتند: «۱۰۰ زندانی سیاسی دیگر در زندان‌ها بسر می‌برند و تا ۱۹ آذر همگی آزاد خواهند شد.» / ایسنا ]

در طول سلطنت پهلوی دوم، یعنی از شهریور 1320 تا روز خروج پادشاه از ایران، با احتساب محکومین حرکت تجزیه طلبانه آذربایجان، کردستان و فارس و سایر شورش ها، در مجموع تعداد 277 نفر به حکم دادگاه به مجازات مرگ رسیدند. " [ بشیری، قصه ساواک، ص 530] آقای «ق» در ادامه به پرسش بشیری " اما خمینی، مثلا کشته شدگان واقعه 5 خرداد 1342 به تنهایی 12000 نفر و یا کشته شدگان میدان ژآله را 3000-4000 نفر گفته است!.... " پاسخ می دهد: " این آمار و ارقام خیالی، قسمتی از تبلیغات ضد رژیم، پیش از پیروزی انقلاب منحوس شان بود. اما ب تمام وقاحتی که از آخوند سراغ دارید، در حالی که همه اسناد و آمار و مدارک در اختیار ملاها قرار گرفت، هرگز نتوانستند، من باب دفاع از تبلیغات خودشان هم که شده، حتی یک فهرست ساختگی از اسامی این کشته شدگان خیالی و ساختگی ارائه دهند.

بعد از ماجرای 17 شهریور و حوادث میدان ژاله ما یک شنود تلفنی از مذاکره داریوش فروهر و آیت الله سرخ ( سید محمود طالقانی) داشتیم. فروهر می گفت اعلامیه ای نوشته ایم و عده کشته شدگان میدان ژاله را 5000 نفر اعلام کرده ایم، به نظر شما کافی است یا نه ؟ طالقانی در جواب گفت: شما که می نویسید، بنویسید 10000 نفر، وضع به صورتی است که هرچه بنویسید، مردم قبول می کنند!"

جناب پرویز ثابتی در کتاب در دامگه حادثه می گوید : در سال 1342، قبل از 15 خرداد، طالقانی در زندان بود. پاکروان می گفت که طالقانی را آزاد کنید! گفتم: تیمسار! این آدم ، فردی افراطی و مخرب است. اگر در این روزها که مصادف با ایام ماه محرم است، آزادش کنید، اصلا به مصلحت نیست. و درباره اش، گزارشی نوشتم و سوابقش را دادم اما فایده ای نداشت. بعد از یک روز پاکروان گفت: طالقانی را بفرستید دفتر من! ... من حوالی 1-2 بعد از ظهر بود که محمود طالقانی را از زندان به اتفاق مامورین، نزد پاکروان فرستادم. تا 8 شب در اداره ماندم، آن وقت دفتر ما در فیشر آباد - سپهبد قرنی فعلی - بود ، هنوز جلسه پاکروان با وی تمام نشده بود. از دفترش می پرسیدم، می گفتند که هنوز دارد با طالقانی حرف می زند و ساعت 8 شب بود که پاکروان تلفن زد که " به آقای طالقانی گفته ام برود خانه اش و آزادش کردم" من گفتم: " او قرار بازداشت دارد" گفت: کارهای تشریفاتی را خودتان انجام دهید. فردایش درست 14 خرداد 1342 بود. طالقانی در آن ایام، پیشنماز مسجد هدایت در خیابان استانبول بود. مردم آنجا جمع شده بودند و طالقانی هم رفته بود به مسجد. آخوندی بالی منبر حرف زده بود ( هنوز البته حکومت نظامی نشده بود) حرف های آخوند که تمام شده بود، گفته بود که حالا از آقای طالقانی می خواهم بیایند بالای منبر و ما را مستفیض کنند و طالقانی هم گفته بود: من چون به رئیس ساواک قول داده ام که بالای منبر نروم، پس آن میکروفن را بدهید پائین. از همین جا حرف می زنم!!" و بعد ، طی سخنان شدید اللحنی به دولت حمله کرده بود. بلافاصله گزارشی نوشتم برای پاکروان که دیشب چنین شده و ایشان نشسته پایین منبر، حرف زده! پاکروان تلفن زد که آقا این ها مگر اخلاق سرشان نمی شود! گفتم : تیمسار! این ها ما را ظلمه و این کارها را تقیه می دانند؛ این ها را چه به اخلاق!" [ در دامگه حادثه، گفت و گو با عرفان قانعی فرد؛ ص 139]

آخر الامر، آیت الله سرخ در ۱۹ شهریور ۱۳۵۸ در تهران مُرد. کوزیکچین درباره اش می نویسد : " طالقانی معتقد بود که در مورد مجاهدین و فدائیان عادلانه رفتار نشده...بزودی مشخص شد که خمینی با مواضع طالقانی موافق نیست... «... ملاقات با سفیر شوروی هنگام صبح صورت گرفت. پس از خاتمه ملاقات، طالقانی مانند معمول سرخوش بود؛ ولی شب هنگام پس از صرف شام ناگهان حالش به هم خورد. نگهبانان شخصی‌اش به سوی تلفن هجوم بردند تا به پزشک خبر بدهند ولی خط قطع بود. کوشیدند به او آب بخورانند ولی جریان آب هم قطع شده بود. پیرمرد شانسی نداشت. مخالفانش همه چیز را تا آخرین جزئیات حساب کرده بودند.»" [ ک گ ب در ایران، 380-383]

سال‌ها بعد فرزند طالقانی ( مجتبی )، طی مصاحبه‌ای با برنامهٔ بی‌پرده، بی‌تعارف ( صدای آمریکا)، مرگ پدرش را مشکوک اعلام کرد. حمد مدیرشانه‌چی - رئیس دفتر طالقانی هم در تابستان ۱۳۷۳ ؛ در پاریس - در گفت‌وگویی مرگ طالقانی را مشکوک خواند و به سهل‌انگاری میزبان طالقانی، آقای چهپور (پدرزن محمدرضا طالقانی) در اطلاع به‌موقع ماجرا اشاره نمود.