علی باقری کنی در آن مذاکرات که بعدها به صورت پنهای در عمان و با افرادی دیگری به نمایندگی از ایران ادامه یافت، همراه سعید جلیلی بود. در ایران انتقادات پراکنده‌ای از این مذاکرات که علنی شده بود صورت گرفت اما موقعیت خانوادگی و سیاسی آقای جلیلی و البته معاون چند سال جوانتر او مانع از عواقب امنیتی رایج در مورد آنها شد.

در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۹۲ که جلیلی نامزد بود، علی باقری کنی مسئول ستاد تبلیغاتش شد اما با پیروزی روحانی، جلیلی و باقری‌کنی از سمت های دولتی دور و وارد نهادها و بخش‌های انتصابی حکومت شدند. جلیلی از آقای خامنه‌ای حکم نمایندگی در شورای عالی امنیت ملی گرفت و باقری کنی معاون قوه قضائیه و رئیس ستاد حقوق بشر شد که از ابتدای تاسیس در اختیار محمدجواد لاریجانی برادر رئیس وقت قوه قضائیه بود.

۸ سال بعد که آقای جلیلی دوباره در انتخابات ریاست جمهوری نامزد شد، این بار علی باقری‌کنی گزینه محتمل او برای پست وزارتخارجه بود اما ابراهیم رئیسی پیروز آن انتخابات بود. هنوز دوره ریاست جمهوری آقای رئیسی شروع نشده بود که در یک دیدار خارجی رئیس جمهور منتخب در تهران که با وزیر خارجه هند انجام می‌شد، حسین امیرعبداللهیان و آقای باقری کنی هر دو در محل حاضر شدند.

با حضور امیرعبداللهیان به نظر می‌رسید بخت آقای باقری کنی برای وزارت کمتر شده است. معرفی آقای امیرعبداللهیان به مجلس به عنوان وزیر پیشنهادی، به معنی رای اعتماد تضمین شده به او بود. آقای امیرعبداللهیان معاون معزول محمدجواد ظریف و از افراد نزدیک به نیروی قدس شاخه برون مرزی سپاه بود که پس از برکناری از وزارتخارجه، معاون امور بین‌الملل مجلس شده بود.

علی باقری کنی به عنوان یک سیاستمدار «خودی» در یک‌قدمی وزارت، از آن جا ماند اما موقعیت خانوادگی و سیاسی‌اش تضمین کننده یک شغل مهم بود. او معاون سیاسی وزارت خارجه شد که عملا نفر دوم این وزارتخانه است. او همینطور همزمان مذاکره کننده ارشد اتمی شد که ماموریت اعلام شده‌ آن شرکت در مذاکرات غیرمستقیم با آمریکا برای احیای توافقی بود که او از جدی‌ترین مخالفانش بود، یعنی برنامه جامع اقدام مشترک یا برجام.