در این روایات گفته شده، مجتبی در چند عملیات ازجمله بیت المقدس ۲، ۳ و ۴ و مرصاد و الفجر ۱۰ شرکت داشته است. گفته شده، او از همه خواسته بود که او را «الحسینی» صدا کنند.

برخی فرماندهان دیروز جبهه‌ها، ازجمله نورعلی شوشتری، سعی می‌کنند مجتبی را رزمنده‌ای شجاع و بی‌باک جلوه دهند: «عملیات قدس ۳ بود ... و زمانی که مشغول صحبت و انجام کارهای دیگر بودم، به سمت خط رفتند. هرچه کردم نتوانستم جلوی آنها را بگیرم و آنها رفتند؛ به فرمانده لشکرشان زنگ زدم و گفتم: مواظب باشید در حمله به خط مقدم دشمن شرکت نکنند.»

در آن زمان علی خامنه‌ای به رهبری نرسیده بود و هیچ‌کس تصور نمی‌کرد که مجتبی روزی یکی از گزینه‌های رهبری نظام شود. از این رو فرماندهان سپاه مانند علی فضلی در حال بررسی احتمالات کشته شدن او و محسن هاشمی بودند. سرانجام مجتبی را به امر پدرش به تهران فرستادند.

مجتبی از ۲۰ سالگی (به قول پدرش در پاسخ به مهدی کروبی که به شکوه از مداخلات «آقازاده» در انتخابات یاد کرده بود) «آقا» بود نه آقازاده.

برخی بچه‌های علما عادتا زشت‌خو، پررو و فاسدند. مجتبی اما با رندی قاب طلبه‌های هم‌ردیفش را برده بود و پدر در آغاز دهه سوم زندگی پسرش به او مهام مشیر و مشار خود را عرضه کرد. در روزهایی که حداد عادل مراد دیگر کرده بود و به جای سید حسین نصر ردای سرسپردگی ولی فقیه بر تن داشت، آقا سفارش کرد حضرت حداد از خزینه دانش خود جرعه‌ای به آقازاده مجتبی بنوشاند. جرعه کوزه شد و مجتبی به مصاهرت دست زهرا خانم حداد را فشرد. در باب وصلت او داستان‌هایی از حداد عادل و همسرش، مدیر مدرسه فرهنگ، نقل شده است.

در سال ۱۳۷۷ زهرا حداد عادل سال چهارم دبیرستان بود که منصوره خانم خجسته باقرزاده، همسر ولی فقیه، با پیشنهاد ازدواج به خانه عروس زنگ زد. حداد می‌گوید خانم دکتر ما از خانم خواست که خودشان را معرفی کنند، ایشان هم گفتند: من بانوی مقام معظم رهبری هستم.

به گفته غلامعلی حداد عادل، صحبت درمورد عروسی به پایان دبیرستان زهرا موکول می‌شود. «آن موقع دخترمان دیپلم گرفت و بعد از مقدمات، یک روز پسر و مادرش با یک تکه پارچه برای عروس خانم آمدند و بعد از آقا مجتبی صحبت کردیم. بعد از این دیدار نظر زهرا خانم را جویا شدم. گفتند حاضرم!»

حداد عادل و مجتبی برای خرید هدایای عروسی ازجمله ساعت و کفش به تقاطع خیابان کریمخان و آبان می روند. به روایت حداد، مجتبی ارزان ترین ساعت را انتخاب کرد. هزینه حلقه ازدواج حدود ۶۰۰ هزار تومان شد. عروسی مجتبی و زهرا در خانه پدر عروس برگزار شد. عروسی در زمان ریاست جمهوری محمد خاتمی بود. بیشتر مهمانان از خانواده عروس بودند که داماد در تهران غیر از سه عمو و خانواده‌هایشان کسی را نداشت. حاصل این ازدواج سه فرزند است، دو پسر و یک دختر. شایعات زیادی درمورد مکان تولد اولین فرزند این زوج منتشر شده است.

بررسی خاطرات و گزارش‌های مقامات امنیتی و سپاه پاسداران نشان می‌دهد که مجتبی تقریبا در همین سال‌ها (۱۳۷۷/۱۳۷۸ ) به یکی از دستیاران غیررسمی بیت تبدیل شده است. این روندی است که تاکنون ادامه داشته است.

مجتبی خامنه‌ای سرنوشت احمد خمینی را دید، هرچند نقش مجتبی در رابطه با علی خامنه‌ای بیشتر از احمد در رابطه با روح‌الله خمینی است.

از دهه ۱۹۹۰، کادرهای «بیت رهبری» و بسیاری از مقامات رژیم از نفوذ روزافزون مجتبی خامنه‌ای در عرصه سیاسی و امنیتی رژیم آگاه بودند. بیشتر سربازان و فرماندهانی که از جنگ برگشته‌اند در کنارش نشسته‌اند. او تیپ «حبیب بن مظاهر» خود را از گردان‌های تیپ «محمد رسول‌الله» تشکیل می‌دهد که هم‌اکنون بیشتر در زمینه‌های امنیتی و مهندسی انتخابات فعالیت می‌کنند. گروهی که در اولین پروژه خود انتخابات سال ۱۳۸۴ را در امتثال به امر ارباب و البته پسر بزرگش مجتبی مهندسی کرد تا چهره‌ای تقریبا ناشناخته به نام محمود احمدی‌نژاد به قدرت برسد.

انتخاباتی که در آن هاشمی رفسنجانی مجروح سیاسی شد اما سکوت کرد. مهدی کروبی طاقت نیاورد و پس از چرت زدن معروف خود، که منجر به تغییر چشمگیر نتایج انتخابات شد، در نامه‌ای سرگشاده برای اولین بار دخالت مجتبی خامنه‌ای در انتخابات و به قدرت رسیدن احمدی نژاد را فاش کرد. پاسخ خامنه‌ای روشن بود: «مجتبی مرد است». پاسخی که شاید «الان» معنای دیگری به خود گرفته باشد. علی خامنه‌ای سال‌ها پیش روی این پسر حساب دیگری باز کرد. شاید در ابعاد رهبر بعدی رژیم.

چهار سال پس از پیام کروبی، تظاهرکنندگان علیه مجتبی خامنه‌ای شعار دادند. در آن ماه‌های پرحادثه، گزارش‌های متعددی درباره نقش فزاینده مجتبی در سرکوب جنبش سبز منتشر شد، ازجمله گزارش‌هایی از دیدارهای خصوصی مجتبی با رهبران جنبش سبز.

با نگاهی به خاطرات تعدادی از مقامات جمهوری اسلامی مشخص می‌شود که مجتبی سال‌ها پیش وارد عرصه سیاست و امنیت شده است. درخواست گزارش از مراجع و نهادها و مداخله مستقیم در تصمیم‌گیری‌ها. برای مثال، در بهمن ماه سال ۹۸، اکبر نبوی، یکی از اعضای هیات‌تحریریه روزنامه رسالت، در جلسه‌ای خصوصی به هاشمی رفسنجانی گفت: «آقای مجتبی از ما خواسته است که تحلیلی درمورد وضعیت دانشگاه‌ها ارائه کنیم.»

مجتبی در صداوسیمای جمهوری اسلامی ایران نفوذ زیادی دارد. مدیران این سازمان، که خامنه‌ای آن‌ها را منصوب می‌کند، به‌خوبی می‌دانند که در بسیاری از موارد صاحب حساب آن‌ها فرزند صادرکننده حکم آنهاست.

برای مثال، محمد سرافراز، رییس سابق صداوسیما، در کتاب خود نوشته است که مجتبی از سال ۱۹۹۸ گروهی از مدیران اطلاعاتی و امنیتی را در بیت جمع کرده است، گروهی که عملا «دولت در دولت» به حساب می آیند و اولین تمرین آن بحران ۹ روز در میان دولت محمد خاتمی بود.

عبدالعلی عسکری نیز بارها از تماس تلفنی مستقیم و فوری مجتبی خبر داده است: قبل از سحر با من تماس گرفتند، گفتند که مجتبی است، وقتی تلفن را برداشتم خیلی آرام و ساده گفت که حاج قاسم سلیمانی در فرودگاه بغداد به شهادت رسیده است.

مقامات ارشد سپاه پاسداران نیز چندین بار از حمایت‌های ویژه مجتبی در امور نظامی و امنیتی صحبت کردند. برای مثال، امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده هوافضای سپاه، در سندی که از دیدار برخی از فرماندهان سپاه با علی خامنه‌ای به بیرون درز کرده است، از کمک‌های ویژه مجتبی خامنه‌ای در تامین مالی برنامه‌های پهپادی و موشکی سپاه قدردانی کرده است.

البته به قدرت رسیدن مجتبی تنها نیازمند یک سیستم امنیتی نیست. او از سال ۱۳۸۷ مدت زیادی را در حوزه‌های علمیه قم برای جلب رضایت روحانیون قم گذرانده و رسانه‌های دولتی ایران به‌تازگی عنوان آیت‌الله را برای مجتبی برگزیده‌اند و لینک ثبت‌نام را برای حضور در دروس تکمیلی فقه او منتشر می‌کنند. با همه این تلاش‌ها هنوز گزارشی از تعداد شاگردان دروس خارج مجتبی منتشر نشده است.

گاه زمزمه‌هایی مبنی بر مشورت علی خامنه‌ای با علمای قم در خصوص همت و اقتدار فرزندش به گوش می‌رسد. برای مثال، در مهر ۱۳۸۸ تعدادی از معلمان و طلاب قم و نجف طی نامه‌ای سرگشاده دلیل سفر خامنه‌ای به قم را کسب اجازه اجتهاد از مراجع برای مجتبی اعلام کردند.

در ميان بخش بزرگی از روحانيت و نهادهای امنيتی جمهوری اسلامی اين عقيده وجود دارد كه بايد با پرهيز از هرگونه تغيير، رژيم را در وضع موجود حفظ كرد. از این منظر، تاکید بر شباهت شدید مجتبی و پدرش در دستور کار است. در سال‌های اخیر خاطرات و رمان‌های متعددی از مقامات رژیم منتشر شده است که کلید آن یک کلمه است: «مجتبی عین خود آقاست.»

فریدالدین حداد عادل، داماد مجتبی، چندی پیش گفته بود:«بصیرت و بینش ایشان کاملا منطبق با صفات رهبری است و ما از این بابت احساس راحتی و اطمینان داریم.»

به همه اینها، البته باید نظارت مستقیم مجتبی بر امپراتوری مالی علی خامنه‌ای را نیز افزود. به گفته خودی‌ها، حداقل ۶۰ درصد اقتصاد ایران در املاک تحت کنترل علی خامنه‌ای قرار دارد، از بنیاد مستضعفان تا کمیته امداد و از قرارگاه خاتم‌الانبیاء تا مهدکودک رضوی. برای درک حجم اعداد، برای مثال در گزارش مالی بنیاد مستضعفان در سال ۱۳۹۴، مجموع دارایی‌های این موسسه ۵۶ هزار میلیارد تومان اعلام شده است.

همه احتمالات درمورد آینده سیاسی مجتبی مشروط به بقای امروز رژیم حاکم است در حالی که رژیم در خون شهروندانش غرق شده است. با کمترین میزان مشروعیت تحریم‌های عمیق و مشکلات فزاینده اقتصادی معلوم نیست حکومتی با ابزار سرکوب و دستگیری بر طوفان اعتراضات مردمی فائق آید یا نه.

مجتبی در قماری بزرگ روی خود شرط‌بندی کرده است. با این اشاره که پیش‌شرط ادامه حیاط پدر و رژیمش، یگانه عامل پیروزی در این قمار است. مردم یک بار فریاد زده‌اند: «مجتبی بمیری رهبری رو نبینی.» آقا مجتبی اما در گوش پسرش زمزمه می‌کند بعد از من نوبت توست. می‌گویند فیصل دوم در راق به پرنسس فضیلت نامزد ترکش گفته بود: پسری می‌آوریم که ریشه سلطنت زمینی و آسمانی ما را بیشتر در ارض مقدس عراق بسط خواهد داد. چیزی نگذشت که پیکرش را سربازان عبدالکریم قاسم در خیابان‌های بغداد به تانک بستند و ... تو گویی که بهرام هرگز نبود.

رئیسی رفت و آرزویی که گورنشین شد. آرزوهای مجتبی به کجا خواهد رسید؟