جمهوری اسلامی بخش‌های دیگری از این پایگاه‌ها، از جمله جاده‌هایی را که برای جلوگیری از حرکت پرتابگرها بمباران شده بودند، بازسازی کرده است. در تصاویر ماهواره‌ای تقریبا همه گودال‌های ناشی از بمباران پر شده‌ و در دو محل، جاده‌ها حتی دوباره آسفالت شده‌اند.

دونالد ترامپ، رئیس‌جمهوری آمریکا، بارها زرادخانه موشکی ایران را یکی از دلایل جنگ عنوان کرده و نابودی آن را از اهداف اصلی دانسته است. او در ماه مارس در تروث سوشال، «تضعیف کامل توان موشکی ایران، پرتابگرها و همه بخش‌های مرتبط با آن‌ها» را یکی از پنج هدف جنگ خواند.

جمهوری اسلامی ساخت شبکه پایگاه‌های موشکی زیرزمینی‌اش را بیش از ۲۰ سال پیش آغاز کرده است. این تاسیسات، که برخی از آن‌ها زیر صدها متر سنگ قرار دارند، محل نگهداری و محافظت از شمار زیادی موشک‌ و پرتابگر‌ند و گزینه‌های آمریکا و اسرائیل برای حمله مستقیم به آن‌ها را محدود می‌‌کنند. به همین دلیل، در هفته‌های نخست جنگ، نیروهای آمریکایی و اسرائیلی بر هدف‌گرفتن ورودی تونل‌ها تمرکز کردند. این حملات همراه تلاش برای شناسایی و نابودی پرتابگرها، میزان شلیک موشک‌ جمهوری اسلامی را به‌شدت کاهش داد.

این حملات آسیب گسترده‌ای به پایگاه‌ها وارد کرد، بیشتر ورودی‌های تونل‌ها را زیر آوار دفن و جاده‌های منتهی به این تاسیسات را قطع کرد. آمریکا و اسرائیل همچنین تلاش گسترده‌ای برای تخریب زنجیره تامین موشکی جمهوری اسلامی انجام دادند، از کارخانه‌های تولید قطعات الکترونیکی کوچک گرفته تا مراکز تولید سوخت و بدنه موشک‌.

پس از توافق آتش‌بس در آوریل، پیت هگست، وزیر جنگ آمریکا، گفت جمهوری اسلامی ناچار خواهد بود باقی‌مانده پرتابگرها و موشک‌ها را از زیر آوار بیرون بکشد، و توان جایگزینی آن‌ها را نخواهد داشت. با این حال، کارشناسان معتقدند جمهوری اسلامی هنوز حدود هزار موشک در پایگاه‌های زیرزمینی ذخیره دارد. به گفته آن‌ها، این ذخایر که در عمق زمین قرار دارند، احتمالا در حملات آسیب چندانی ندیده‌اند.

جمهوری اسلامی برای دسترسی به پایگاه‌ها، از تجهیزات مختلف عمرانی و خاک‌برداری استفاده کرده است. در تصاویر ماهواره‌ای، لودرهایی دیده می‌شوند که آوار را جابه‌جا می‌کنند و کامیون‌هایی که گودال‌های ناشی از بمباران را با خاک پر می‌کنند. در یکی از پایگاه‌های اطراف اصفهان، آمریکا و اسرائیل در طول جنگ چندین بار حمله کردند تا چهار ورودی تونل مسدود شود. در دو ورودی این پایگاه دست‌کم ۱۸ گودال دیده می‌شد که نشان‌دهنده حجم مهمات مصرف‌شده برای بستن تونل‌ها بود. تصویر ماهواره‌ای اوایل ماه مه نشان داد یک کامیون کمپرسی برای پر کردن گودال‌ها به کار گرفته شده است. دو ورودی دیگر نیز پیش‌تر باز شده و جاده‌های تخریب‌شده منتهی به آن‌ها دوباره آسفالت شده بود.

در پایگاهی نزدیک خمین نیز تصویری در اواسط آوریل دست‌کم ۱۰ خودروی عمرانی را نشان می‌داد که برای بازگشایی یک ورودی مشغول کار بودند. هم‌زمان با بازیابی موشک‌ها و بازگشایی پایگاه‌های موشکی، برخی تحلیلگران نگران‌اند تهدید این زرادخانه دست‌کم گرفته شود، به‌ویژه در شرایطی که ذخایر موشک‌های رهگیر آمریکا رو به کاهش است.

حملات به کارخانه‌های موشکی ایران نیز ممکن است تا مدتی که آمریکا و اسرائیل انتظار دارند، مانع بازسازی توان موشکی تهران نشود. برخی از این کارخانه‌ها در جنگ ۱۲ روزه سال گذشته نیز هدف قرار گرفته بودند، اما تصاویر ماهواره‌ای نشان داد جمهوری اسلامی شماری از تاسیسات هدف‌گرفته‌شده را بازسازی کرده است. ارزیابی‌های اطلاعاتی آمریکا نیز نشان می‌دهد جمهوری اسلامی بازسازی توانایی‌های نظامی کلیدی، ازجمله تولید پهپاد، جایگزینی پرتابگرها، و ظرفیت تولید موشک را آغاز کرده است. به گفته یک مقام آمریکایی، جمهوری اسلامی در بازسازی توان نظامی از همه جدول‌های زمانی برآورد جامعه اطلاعاتی جلوتر رفته است.

به گفته تیمور کادیشف، پژوهشگر موسسه پژوهش صلح و سیاست امنیتی دانشگاه هامبورگ، این تفاوت فناوری‌ دشواری گزینه نظامی را نشان می‌دهد، زیرا برای وارد کردن چنین خسارتی باید از تسلیحات بسیار پیشرفته و گران‌قیمت استفاده کرد، اما روند بازیابی با ابزارهایی بسیار ساده مانند بولدوزر انجام می‌شود.